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万見
- PDB-2k4m: Solution NMR Structure of M. thermoautotrophicum protein MTH_1000... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k4m
タイトルSolution NMR Structure of M. thermoautotrophicum protein MTH_1000, Northeast Structural Genomics Consortium Target TR8
要素UPF0146 protein MTH_1000
キーワードstructural genomics / unknown function / alpha+beta / Rossmann fold / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Uncharacterised protein family UPF0146 / Uncharacterised protein family (UPF0146) / Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / UPF0146 protein MTH_1000
機能・相同性情報
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Eletsky, A. / Sukumaran, D. / Semesi, A. / Guido, V. / Yee, A. / Arrowsmith, C. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of M. thermoautotrophicum protein MTH_1000, Northeast Structural Genomics Consortium Target TR8
著者: Eletsky, A. / Sukumaran, D. / Semesi, A. / Guido, V. / Yee, A. / Arrowsmith, C. / Szyperski, T.
履歴
登録2008年6月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0146 protein MTH_1000


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2841
ポリマ－17,2841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 UPF0146 protein MTH_1000 / TR8_protein


分子量: 17283.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
属: Methanobacterium / 生物種: thermoautotrophicum / 遺伝子: MTH_1000 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): coli / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: O27081

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D HNCA
1613D CBCA(CO)NH
1713D HBHA(CO)NH
1813D 1H-15N,13Cali,13Caro NOESY
1913D (H)CCH-COSY aliphatic
11013D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11113D (H)CCH-COSY aromatic
21222D 1H-13C HSQC methyl
21322D LR 1H-15N HSQC (His)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TR8 protein, 10 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 1 mM benzamidine, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] TR8 protein, 10 mM sodium phosphate, 450 mM sodium chloride, 1 mM benzamidine, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMTR8 protein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMsodium phosphate1
300 mMsodium chloride1
1 mMbenzamidine1
10 mMDTT1
0.8 mMTR8 protein[U-5% 13C; U-100% 15N]2
10 mMsodium phosphate2
450 mMsodium chloride2
1 mMbenzamidine2
10 mMDTT2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1300 6.5 ambient 298 K
2450 6.5 ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
VNMR6.1CVariancollection
VnmrJ2.1BVariancollection
PROSA6.0.2Guntert解析
XEASY1.3.13Bartels et al.データ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
CSI2Wishart and Sykesデータ解析
TALOS2003.027.13.05Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
AutoAssign1.15.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVSBhattacharya and Montelionestructure validation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1929 / NOE intraresidue total count: 611 / NOE long range total count: 578 / NOE medium range total count: 266 / NOE sequential total count: 474
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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