PDB-2k4b: CopR Repressor Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2k4b

タイトル

CopR Repressor Structure

要素

Transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Winged Helix

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Cantini, F. / Banci, L. / Magnani, D. / Solioz, M.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: The copper-responsive repressor CopR of Lactococcus lactis is a 'winged helix' protein.
著者: Cantini, F. / Banci, L. / Solioz, M.

履歴

登録	2008年6月3日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2k4b.cif.gz	450.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2k4b.ent.gz	376 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2k4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2k4b_validation.pdf.gz	358.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2k4b_full_validation.pdf.gz	492.4 KB	表示
XML形式データ	2k4b_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	2k4b_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/2k4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/2k4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1gd3-d 2dls-d 1k96-d 2k5v-d 3ddt-1 5y95-d 2hqn-d 3iqq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator

11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 350	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Transcriptional regulator 分子量: 11769.415 Da / 分子数: 1 / 断片: N terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 遺伝子: copR, LL0832, L451, L45109 / プラスミド: pLlcopyLT298 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) (Stratagene) / 参照: UniProt: Q9CHA6

#1: タンパク質

Transcriptional regulator

分子量: 11769.415 Da / 分子数: 1 / 断片: N terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: copR, LL0832, L451, L45109 / プラスミド: pLlcopyLT298 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) (Stratagene) / 参照: UniProt: Q9CHA6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HN(CA)CB
1	7	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	1	3D 1H-13C NOESY
1	10	1	3D (H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 0.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CopR-NTD, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.2 mM / 構成要素: CopR-NTD / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態	イオン強度: 0.25 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	900	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CARA	1.8.4	CARA	chemical shift assignment
CYANA	2.1	Guntert, P. et al.	構造決定
Amber	9	Case, D. et al.	精密化
TopSpin		Bruker Biospin	解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 350 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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