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万見
- PDB-2k2v: Anabaena CcbP in the calcium-bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2v
タイトルAnabaena CcbP in the calcium-bound form
要素Alr1010 protein
キーワードCALCIUM-BINDING PROTEIN / calcium-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Calcium binding protein CcbP, beta-barrel domain / Helix Hairpins - #400 / Uncharacterised protein family, calcium binding protein, CcbP / Calcium binding protein CcbP, beta-barrel domain / Calcium binding / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Anabaena sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hu, Y. / Zhang, X. / Jin, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Anabaena CcbP in the calcium-bound form
著者: Hu, Y. / Zhang, X. / Xia, B. / Jin, C.
履歴
登録2008年4月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr1010 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8493
ポリマ－14,7681
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Alr1010 protein / CcbP


分子量: 14768.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (strain PCC 7120) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: ccbP, alr1010 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8YY42
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1313D (H)CCH-COSY
1413D (H)CCH-TOCSY
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1812D 1H-13C HSQC
1922D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 40 mM CALCIUM ION, 20 mM TRIS, 220 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] protein, 40 mM CALCIUM ION, 20 mM TRIS, 220 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein[U-100% 13C; U-100% 15N]1
40 mMCALCIUM ION1
20 mMTRIS1
220 mMsodium chloride1
10 mMDTT1
1 mMprotein[U-100% 15N]2
40 mMCALCIUM ION2
20 mMTRIS2
220 mMsodium chloride2
10 mMDTT2
試料状態イオン強度: 0.32 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
NMRPipe2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRView5Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber7Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, Kollm精密化
SANEDuggan, Legge, Dyson, Wrightデータ解析
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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