[日本語] English
万見
- PDB-2k2j: NMR solution structure of the split PH domain from Phospholipase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k2j
タイトルNMR solution structure of the split PH domain from Phospholipase C gamma 2
要素1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
キーワードHYDROLASE / SIGNALING PROTEIN / two sheeted beta barrel / C-terminal helix / Calcium / Lipid degradation / Phosphoprotein / Polymorphism / SH2 domain / SH3 domain / Transducer
機能・相同性
機能・相同性情報


follicular B cell differentiation / inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / phosphoinositide phospholipase C / antifungal innate immune response / positive regulation of interleukin-23 production / cellular response to lectin / response to yeast / phosphorylation-dependent protein binding ...follicular B cell differentiation / inositol trisphosphate biosynthetic process / regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of dendritic cell cytokine production / phosphoinositide phospholipase C / antifungal innate immune response / positive regulation of interleukin-23 production / cellular response to lectin / response to yeast / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of neuroinflammatory response / cell activation / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / phosphatidylinositol biosynthetic process / programmed cell death / macrophage activation involved in immune response / phospholipid catabolic process / cellular response to lipid / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of programmed cell death / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylinositol-mediated signaling / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / intracellular vesicle / Dectin-2 family / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / B cell activation / regulation of lipid metabolic process / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of receptor internalization / Generation of second messenger molecules / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of type I interferon production / response to axon injury / Role of phospholipids in phagocytosis / GPVI-mediated activation cascade / release of sequestered calcium ion into cytosol / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of interleukin-12 production / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of interleukin-2 production / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to calcium ion / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / protein tyrosine kinase binding / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / calcium-mediated signaling / platelet activation / positive regulation of interleukin-6 production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Wnt signaling pathway / ruffle membrane / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / positive regulation of tumor necrosis factor production / DAP12 signaling / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction / membrane raft / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2, SH3 domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Pleckstrin homology domain / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Harris, R. / Bunney, T.D. / Katan, M. / Driscoll, P.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Rac Regulates Its Effector Phospholipase C{gamma}2 through Interaction with a Split Pleckstrin Homology Domain.
著者: Walliser, C. / Retlich, M. / Harris, R. / Everett, K.L. / Josephs, M.B. / Vatter, P. / Esposito, D. / Driscoll, P.C. / Katan, M. / Gierschik, P. / Bunney, T.D.
履歴
登録2008年4月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2471
ポリマ－14,2471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 10020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-2 / Phosphoinositide phospholipase C / PLC-gamma-2 / Phospholipase C-gamma-2 / PLC-IV


分子量: 14246.834 Da / 分子数: 1 / 断片: PH domains (UNP residues 471-514 and 850-913) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16885, phosphoinositide phospholipase C

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-edited NOESY
1223D 13C-edited NOESY
1323D 13C-edited aromatic NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8-1.0 mM [U-15N] split PH domain from Phospholipase C gamma 2, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8-1.0 mM [U-13C; U-15N] split PH domain from Phospholipase C gamma 2, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMsplit PH domain from Phospholipase C gamma 2[U-15N]1
0.8 mMsplit PH domain from Phospholipase C gamma 2[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian InovaVarianINOVA6001
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Varian InovaVarianINOVA8004

-
解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Ab initio simulated annealing protocol within the CNS program, with PARALLHDGv5.3 force field and PROLSQ non-bonded energy function. This protocol adopts a mixture of Cartesian molecular ...詳細: Ab initio simulated annealing protocol within the CNS program, with PARALLHDGv5.3 force field and PROLSQ non-bonded energy function. This protocol adopts a mixture of Cartesian molecular dynamics and torsion angle dynamics simulated annealing.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る