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- PDB-2k28: Solution NMR structure of the chromo domain of the chromobox prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k28
タイトルSolution NMR structure of the chromo domain of the chromobox protein homolog 4
要素E3 SUMO-protein ligase CBX4
キーワードTRANSCRIPTION / alpha/beta protein / Alternative splicing / Chromatin regulator / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / SUMO ligase activity / PcG protein complex / SUMO binding / SUMOylation of DNA methylation proteins / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMO transferase activity / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / protein sumoylation ...PRC1 complex / SUMO ligase activity / PcG protein complex / SUMO binding / SUMOylation of DNA methylation proteins / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMO transferase activity / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / protein sumoylation / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / methylated histone binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / phosphoprotein binding / transcription corepressor activity / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / single-stranded RNA binding / nuclear body / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
E3 SUMO-protein ligase CBX4 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...E3 SUMO-protein ligase CBX4 / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 SUMO-protein ligase CBX4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Kaustov, L. / Lemak, A. / Quyang, H. / Fares, C. / Gutmanas, A. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. ...Kaustov, L. / Lemak, A. / Quyang, H. / Fares, C. / Gutmanas, A. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Min, J. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the chromo domain of the chromobox protein homolog 4.
著者: Kaustov, L. / Lemak, A. / Quyang, H. / Fares, C. / Gutmanas, A. / Ravichandran, M. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Min, J. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2008年3月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 SUMO-protein ligase CBX4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3541
ポリマ－7,3541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 E3 SUMO-protein ligase CBX4 / Chromobox protein homolog 4 / Polycomb 2 homolog / Pc2 / hPc2


分子量: 7354.326 Da / 分子数: 1 / 断片: Chromo domain: Residues 8-65 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX4 / プラスミド: pET28a-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00257

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HBHA(CO)NH
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCA
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11113D aromat 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 10 mM phosphate, 300 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
10 mMphosphate1
300 mMsodium chloride1
2 mMDTT1
試料状態イオン強度: 300 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
ABACUSGrishaevchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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