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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2k1o | ||||||
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タイトル | NMR Structure of Helicobacter pylori JHP0511 (HP0564). | ||||||
要素 | Putative | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / Helicobacter pylori / repressor / transcriptional regulator / DNA-binding / ribbon-helix-helix / HP0564 / JHP0511 / UNKNOWN FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, energy minimization | ||||||
データ登録者 | Borin, B.N. / Krezel, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2008 タイトル: Structure of HP0564 from Helicobacter pylori identifies it as a new transcriptional regulator. 著者: Borin, B.N. / Krezel, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2k1o.cif.gz | 704.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2k1o.ent.gz | 593.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2k1o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2k1o_validation.pdf.gz | 375.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2k1o_full_validation.pdf.gz | 608.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2k1o_validation.xml.gz | 29.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2k1o_validation.cif.gz | 52.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/2k1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/2k1o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7801.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / 遺伝子: JHP0511 / プラスミド: pETBNK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZLR7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 50 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, energy minimization / ソフトェア番号: 1 詳細: CYANA calculations, 25000 steps, 10000 steps of conjugate gradient energy minimization using AMBER | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 797 / NOE intraresidue total count: 222 / NOE long range total count: 221 / NOE medium range total count: 134 / NOE sequential total count: 220 / Hydrogen bond constraints total count: 88 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |