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万見
- PDB-2k1o: NMR Structure of Helicobacter pylori JHP0511 (HP0564). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k1o
タイトルNMR Structure of Helicobacter pylori JHP0511 (HP0564).
要素Putative
キーワードGENE REGULATION / Helicobacter pylori / repressor / transcriptional regulator / DNA-binding / ribbon-helix-helix / HP0564 / JHP0511 / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RHH transcriptional regulator CopG / Transcriptional regulator, RHH-like, CopG / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, energy minimization
データ登録者Borin, B.N. / Krezel, A.M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of HP0564 from Helicobacter pylori identifies it as a new transcriptional regulator.
著者: Borin, B.N. / Krezel, A.M.
履歴
登録2008年3月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative
B: Putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6042
ポリマ－15,6042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Putative


分子量: 7801.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: J99 / 遺伝子: JHP0511 / プラスミド: pETBNK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZLR7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
1433D CBCA(CO)NH
1533D C(CO)NH
1633D H(CCO)NH
1733D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM JHP0511, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-15N] JHP0511, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-13C; U-15N] JHP0511, 50 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMJHP05111
50 mMpotassium phosphate1
1 mMJHP0511[U-15N]2
50 mMpotassium phosphate2
1 mMJHP0511[U-13C; U-15N]3
50 mMpotassium phosphate3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker Biospin解析
SparkyGoddardpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmgeometry optimization
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: CYANA calculations, 25000 steps, 10000 steps of conjugate gradient energy minimization using AMBER
NMR constraintsNOE constraints total: 797 / NOE intraresidue total count: 222 / NOE long range total count: 221 / NOE medium range total count: 134 / NOE sequential total count: 220 / Hydrogen bond constraints total count: 88
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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