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万見
- PDB-2k1m: 3D NMR structure of domain cC0 of cardiac myosin binding protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k1m
タイトル3D NMR structure of domain cC0 of cardiac myosin binding protein C (MyBPC)
要素Myosin-binding protein C, cardiac-type
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Ig-I domain / Myosin Binding Protein C / Cardiac Muscle / Hypertrophic cardiomyopathy / Actin-binding / Cell adhesion / Disease mutation / Immunoglobulin domain / Muscle protein / Phosphoprotein / Polymorphism / Thick filament
機能・相同性
機能・相同性情報


C zone / regulation of muscle filament sliding / striated muscle myosin thick filament / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / M band / A band / structural constituent of muscle ...C zone / regulation of muscle filament sliding / striated muscle myosin thick filament / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / M band / A band / structural constituent of muscle / sarcomere organization / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myosin heavy chain binding / myosin binding / ATPase activator activity / heart morphogenesis / cardiac muscle contraction / titin binding / sarcomere / actin binding / cell adhesion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...: / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin-binding protein C, cardiac-type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ratti, J. / Gautel, M. / Pfuhl, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 3D NMR structure of domain cC0 of cardiac myosin binding protein C (MyBPC)
著者: Ratti, J. / Gautel, M. / Pfuhl, M.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-binding protein C, cardiac-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0451
ポリマ－10,0451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Myosin-binding protein C, cardiac-type / Cardiac MyBP-C / C-protein / cardiac muscle isoform


分子量: 10045.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYBPC3 / プラスミド: pET-8C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: Q14896

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-13C NOESY
1222D 1H-15N HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CO)CA
1732D 1H-1H NOESY
1812D 1H-13C HSQC
1913D (H)CCH-TOCSY
11023D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-1.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] cC0_MyBPC, 55.5 M [U-2H] D2O, 40 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21-1.5 mM [U-95% 15N] cC0_MyBPC, 55.5 M H2O, 40 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31-1.5 mM cC0_MyBPC, 55.5 M H2O, 40 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMcC0_MyBPC[U-95% 13C; U-95% 15N]1
55.5 MD2O[U-2H]1
40 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
2 mMDTT1
1 mMcC0_MyBPC[U-95% 15N]2
55.5 MH2O2
40 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
2 mMDTT2
1 mMcC0_MyBPC3
55.5 MH2O3
40 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
2 mMDTT3
試料状態イオン強度: 185 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angles
CCPNMR-_analysis1.0 release 15Wim F. Vranken, Wayne Boucher, Tim J. Stevens, Rasmus H. Foghchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2066 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 701 / NOE medium range total count: 87 / NOE sequential total count: 1278 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 90 / Protein psi angle constraints total count: 90
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 2.82 ° / コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.24 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 4.23 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.32 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.4 Å / Distance rms dev error: 0.07 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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