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- PDB-2k0x: The actinorhodin holo acyl carrier protein from S. coelicolor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0x
タイトルThe actinorhodin holo acyl carrier protein from S. coelicolor
要素Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Acyl carrier protein / polyketide / holo / phosphopantetheine / Antibiotic biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / antibiotic biosynthetic process / acyl carrier activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsThis deposit is a set of twenty structures of the holo (phosphopantetheinylated) actinorhodin ...This deposit is a set of twenty structures of the holo (phosphopantetheinylated) actinorhodin polyketide acyl carrier protein (ACP). These datasets form a sister set to the recent apo- coordinates we deposited and can be used to directly compare the two forms.
データ登録者Crump, M.P. / Evans, S.E. / Williams, C.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2008
タイトル: An ACP Structural Switch: Conformational Differences between the Apo and Holo Forms of the Actinorhodin Polyketide Synthase Acyl Carrier Protein.
著者: Evans, S.E. / Williams, C. / Arthur, C.J. / Burston, S.G. / Simpson, T.J. / Crosby, J. / Crump, M.P.
履歴
登録2008年2月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5982
ポリマ－9,2391
非ポリマー3581
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Actinorhodin polyketide synthase acyl carrier protein / ACP / actI ORF3


分子量: 9239.177 Da / 分子数: 1 / 変異: C17S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2)
解説: Actinorhodin acyl carrier protein (act ACP) from S. coelicolor was heterologously overexpressed in its apo form in E. coli BL21 (DE3) cells. These cells contained the plasmid pET11c C17S act ...解説: Actinorhodin acyl carrier protein (act ACP) from S. coelicolor was heterologously overexpressed in its apo form in E. coli BL21 (DE3) cells. These cells contained the plasmid pET11c C17S act ACP (courtesy of Dr. Tom Nicholson). This IPTG inducible vector is both easier to use and more reliable than the heat inducible pT7-7 version originally constructed. The protein was modified to the holo form using S. coelicolor ACPS and Enzyme CoA.
遺伝子: actI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q02054
#2: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: This deposit is a set of twenty structures of the holo (phosphopantetheinylated) actinorhodin polyketide acyl carrier protein (ACP). These datasets form a sister set to the recent apo- ...詳細: This deposit is a set of twenty structures of the holo (phosphopantetheinylated) actinorhodin polyketide acyl carrier protein (ACP). These datasets form a sister set to the recent apo- coordinates we deposited and can be used to directly compare the two forms.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-13C NOESY
1313D 1H-15N NOESY
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D HNCO
181F1,F2 double filtered NOESY
191F1,F2 double filtered TOCSY
1101F2-filtered NOESY

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試料調製

詳細内容: 1-2 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] act holo-acp, 1-2 mM Phosphopantetheine side chain, 95 % H2O, 5 % D2O, 20 mM potassium phosphate, 5 mM TCEP, 1 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMact holo-acp[U-98% 13C; U-98% 15N]1
1 mMPhosphopantetheine side chain1
95 %H2O1
5 %D2O1
20 mMpotassium phosphate1
5 mMTCEP1
1 mMsodium azide1
試料状態pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: All structure calculations were carried out using the Ambiguous Restraints for Iterative Assignment of NOEs (ARIA) protocol Version 1.2, which includes an algorithm that attempts to correct ...詳細: All structure calculations were carried out using the Ambiguous Restraints for Iterative Assignment of NOEs (ARIA) protocol Version 1.2, which includes an algorithm that attempts to correct for the effects of spin diffusion, was use. Torsion Angle Likelihood Obtained from Shift and sequence similarity (TALOS) and was used to predict φ and ψ dihedral angle restraints. Initially, structure calculation runs contained 8 iterations of 20 structures each, with the best 7 structures in each iteration (sorted according to total energy) being used for analysis and assignment. The number of dynamics steps was increased over default values to 20000 and 16000 for the first and second cooling stages respectively. After each run, violated restraints were checked, and those arising from noise peaks or incorrect assignments were removed/reassigned. Final ensembles of 100 structures were calculated from calibrated restraint tables. The 20 best structures (sorted according to total energy) were selected for water refinement. Water refined structures were calculated using the slightly modified refinement script applied to the RECOORD database. PROCHECK and WHATCHECK and quality indicators were compared to the average values for the RECOORD database of protein NMR structures.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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