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万見
- PDB-2k0n: Solution Structure of Yeast Gal11p kix domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0n
タイトルSolution Structure of Yeast Gal11p kix domain
要素Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
キーワードTRANSCRIPTION / Protein / Activator / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / core mediator complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / core mediator complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / mediator complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med15, fungi / Gal11, coactivator domain / Mediator complex subunit 15, KIX domain / Mediator complex subunit 15 / KIX domain / Gal11 activator-binding domain (ABD1) / Coactivator CBP, KIX domain / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Arthanari, H. / Frueh, D.P. / Wagner, G.K. / Naar, A.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: A nuclear receptor-like pathway regulating multidrug resistance in fungi.
著者: Thakur, J.K. / Arthanari, H. / Yang, F. / Pan, S.J. / Fan, X. / Breger, J. / Frueh, D.P. / Gulshan, K. / Li, D.K. / Mylonakis, E. / Struhl, K. / Moye-Rowley, W.S. / Cormack, B.P. / Wagner, G. / Naar, A.M.
履歴
登録2008年2月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4091
ポリマ－9,4091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15 / Mediator complex subunit 15 / Transcription regulatory protein GAL11 / Basal expression activator ...Mediator complex subunit 15 / Transcription regulatory protein GAL11 / Basal expression activator protein 1 / Autonomous replication regulatory protein 3 / Defective silencing suppressor protein 4 / Ty insertion suppressor protein 13


分子量: 9408.607 Da / 分子数: 1 / 断片: kix domain (UNP residues 6-90) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GAL11, ABE1, MED15, RAR3, SDS4, SPT13 / プラスミド: pet24-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19659

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HNCO
1813D C(CO)NH
1913D 1H-15N TOCSY
11013D H(CCO)NH
11113D 1H-15N NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using NOE constrains

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試料調製

詳細内容: 700 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Gal11p, 10 mM sodium phosphate, 2 mM potassium phosphate, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
700 uMGal11p[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium phosphate1
2 mMpotassium phosphate1
137 mMsodium chloride1
2.7 mMpotassium chloride1
1 mMEDTA1
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 288.3 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Bruker AMXBrukerAMX6004

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解析

NMR software名称: CYANA / バージョン: v2.1 / 開発者: Guntert, Mumenthaler and Wuthrich / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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