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万見
- PDB-2k0l: NMR structure of the transmembrane domain of the Outer Membrane P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k0l
タイトルNMR structure of the transmembrane domain of the Outer Membrane Protein A from Klebsiella pneumoniae in DHPC micelles.
要素Outer membrane protein A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / OMPA / TROSY / sidechain / DHPC micelles
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Porin - #20 / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily ...Outer membrane protein OmpA-like, transmembrane domain / Outer membrane protein, OmpA / OmpA-like transmembrane domain / Porin - #20 / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Outer membrane protein, bacterial / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Renault, M. / Saurel, O. / Gervais, V. / Lohr, F. / Reat, V. / Piotto, M. / Milon, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Solution state NMR structure and dynamics of KpOmpA, a 210 residue transmembrane domain possessing a high potential for immunological applications.
著者: Renault, M. / Saurel, O. / Czaplicki, J. / Demange, P. / Gervais, V. / Lohr, F. / Reat, V. / Piotto, M. / Milon, A.
履歴
登録2008年2月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3951
ポリマ－23,3951
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein A / Outer membrane protein II


分子量: 23394.812 Da / 分子数: 1 / 断片: transmembrane domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: @ / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: RV 308 / 解説: protein expressed in inclusion bodies. / 遺伝子: ompA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P24017

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D [15N,1H]-TROSY
1213D [15N,1H]-TROSY-HN(CA)CB
1313D [15N,1H]-TROSY-HN(CO)CACB
1413D [15N,1H]-TROSY-HNCO
1513D [15N,1H]-TROSY-HN(CA)CO
1613D (HNCA)CC-TOCSY-(CA)-[15N,1H]-TROSY
1723D (H)C(CC)-TOCSY-(CA)-[15N,1H]-TROSY
1823D H(CCCO)-TOCSY
1932D [1H,13C]-CT-HSQC
11014D 15N,15N-separated HMQC-NOESY-TROSY
11143D 15N,13C-separated HMQC-NOESY-TROSY
11243D 13C,13C-separated HMQC-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-13C; U-15N; U-2H] KpOmpA transmembrane domain, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N; U-2H]/[L,V,I(delta1)-13CH3] KpOmpA transmembrane domain, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-15N;10%-13C] KpOmpA transmembrane domain, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM [U-13C; U-15N; U-2H]/[L,V,I(delta1)-13CH3] KpOmpA transmembrane domain, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMKpOmpA transmembrane domain[U-13C; U-15N; U-2H]1
1 mMKpOmpA transmembrane domain[U-13C; U-15N; U-2H]/[L,V,I(delta1)-13CH3]2
1 mMKpOmpA transmembrane domain[U-15N;10%-13C]3
1 mMKpOmpA transmembrane domain[U-13C; U-15N; U-2H]/[L,V,I(delta1)-13CH3]4
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE6004
Bruker AvanceBrukerAVANCE5005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewv5.2.2Johnson, One Moon Scientificデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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