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万見
- PDB-2k07: Solution NMR structure of human E2-like ubiquitin-fold modifier c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2k07
タイトルSolution NMR structure of human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (UFC1). Northeast Structural Genomics Consortium target HR41
要素Ufm1-conjugating enzyme 1
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Ufc1 / Ubiquitin Conjugating Enzyme / E2 / Ufm1 / Polymorphism / Ubl conjugation pathway / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein K69-linked ufmylation / protein ufmylation / regulation of type II interferon production / reticulophagy / response to endoplasmic reticulum stress / brain development / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing, distance geometry, torsion angle dynamics
データ登録者Liu, G. / Eletsky, A. / Atreya, H.S. / Aramini, J.M. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2009
タイトル: NMR and X-RAY structures of human E2-like ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 (UFC1) reveal structural and functional conservation in the metazoan UFM1-UBA5-UFC1 ubiquination pathway.
著者: Liu, G. / Forouhar, F. / Eletsky, A. / Atreya, H.S. / Aramini, J.M. / Xiao, R. / Huang, Y.J. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Liu, J. / Rost, B. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Szyperski, T.
履歴
登録2008年1月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年2月19日ID: 1YWZ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ufm1-conjugating enzyme 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5581
ポリマ－20,5581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ufm1-conjugating enzyme 1 / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1


分子量: 20557.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFC1 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3C8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
121SIMULTANEOUS HETERONUCLEAR RESOLVED [1H,1H]-NOESY
131GFT (4,3)D HNNCABCA
141GFT (4,3)D CABCA(CO)NHN
151GFT (4,3)D HABCAB(CO)NHN
161GFT (4,3) (H)CCH

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試料調製

詳細内容: 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein UFC1, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1.1 mM / 構成要素: Protein UFC1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: na / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionepeak picking
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
XEASY1.3.1.3Bartels et al.chemical shift assignment
XEASY1.3.1.3Bartels et al.データ解析
XEASY1.3.1.3Bartels et al.peak picking
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMRVariancollection
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing, distance geometry, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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