NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / photosynthetic electron transport chain / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta / Ssl0352 protein
機能・相同性情報
生物種
Synechocystis sp. (バクテリア)
手法
溶液NMR / simulated annealing, simulated annealing in explicit water bath
1.17 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SgR42 protein, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 10 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O
95% H2O/5% D2O
2
1.17 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] SgR42 protein, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 10 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O
95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1.17mM
SgR42protein
[U-100% 13C; U-100% 15N]
1
5mM
calciumchloride
1
100mM
sodiumchloride
1
20mM
ammoniumacetate
1
10mM
DTT
1
0.03 %
sodiumazide
1
1.17mM
SgR42protein
[U-5% 13C; U-100% 15N]
2
5mM
calciumchloride
2
100mM
sodiumchloride
2
20mM
ammoniumacetate
2
10mM
DTT
2
0.03 %
sodiumazide
2
試料状態
イオン強度: 135 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Varian INOVA
Varian
INOVA
750
1
Varian INOVA
Varian
INOVA
600
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
VnmrJ
2.1B
Varian
collection
PROSA
6.0.2
Guntert
解析
CARA
1.8.4
KellerandWuthrich
chemicalshiftassignment
CARA
1.8.4
KellerandWuthrich
peakpicking
CSI
2
WishartandSykes
データ解析
TALOS
Cornilescu, DelaglioandBax
データ解析
CYANA
2.1
Guntert, MumenthalerandWuthrich
構造決定
AutoStructure
2.1.1
Huang, Tejero, PowersandMontelione
構造決定
AutoAssign
1.15.1
Zimmerman, Moseley, KulikowskiandMontelione
chemicalshiftassignment
CNS
1.2
Brunger, Adams, Clore, Gros, NilgesandRead
精密化
XEASY
Bartelsetal.
chemicalshiftassignment
XEASY
Bartelsetal.
データ解析
精密化
手法: simulated annealing, simulated annealing in explicit water bath ソフトェア番号: 1 / 詳細: CYANA, CNS
NMR constraints
NOE constraints total: 578 / NOE intraresidue total count: 147 / NOE long range total count: 226 / NOE medium range total count: 57 / NOE sequential total count: 148
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20