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万見
- PDB-2jx8: Solution structure of hPCIF1 WW domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jx8
タイトルSolution structure of hPCIF1 WW domain
要素Phosphorylated CTD-interacting factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / protein fragment / WW domain / triple-standed beta-sheet / alpha-helix / Nucleus / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / S-adenosyl-L-methionine binding / intercellular bridge / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of translation / mRNA processing / microtubule cytoskeleton / methylation ...mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / S-adenosyl-L-methionine binding / intercellular bridge / RNA polymerase II C-terminal domain binding / positive regulation of translation / mRNA processing / microtubule cytoskeleton / methylation / negative regulation of translation / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PCIF1, WW domain / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase PCIF1-like / Phosphorylated CTD interacting factor 1 WW domain / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / WW domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues ...PCIF1, WW domain / mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase PCIF1-like / Phosphorylated CTD interacting factor 1 WW domain / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / WW domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA (2'-O-methyladenosine-N(6)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kouno, T. / Iwamoto, Y. / Hirose, Y. / Aizawa, T. / Demura, M. / Kawano, K. / Ohkuma, Y. / Mizuguchi, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1H, 13C, and 15N resonance assignments of hPCIF1 WW domain
著者: Kouno, T. / Iwamoto, Y. / Hirose, Y. / Aizawa, T. / Demura, M. / Kawano, K. / Ohkuma, Y. / Mizuguchi, M.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphorylated CTD-interacting factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1511
ポリマ－6,1511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phosphorylated CTD-interacting factor 1 / hPCIF1


分子量: 6150.850 Da / 分子数: 1 / 断片: WW domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H4Z3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D HNHA
1323D 1H-13C NOESY
1432D 1H-1H NOESY
1543D HNCA
1643D CBCA(CO)NH
1743D C(CO)NH
1843D HBHA(CO)NH
1943D HNCO
11023D (H)CCH-COSY
11123D (H)CCH-TOCSY
11232D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6mM [U-15N] hPCIF1 WW domain, 20mM sodium phosphate, 20mM sodium chloride, 1mM [U-2H] DTT, 1mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.6mM [U-13C; U-15N] hPCIF1 WW domain, 20mM sodium phosphate, 20mM sodium chloride, 1mM [U-2H] DTT, 1mM sodium azide, 100% D2O100% D2O
30.6mM hPCIF1 WW domain, 20mM sodium phosphate, 20mM sodium chloride, 1mM [U-2H] DTT, 1mM sodium azide, 100% D2O100% D2O
40.6mM [U-13C; U-15N] hPCIF1 WW domain, 20mM sodium phosphate, 20mM sodium chloride, 1mM [U-2H] DTT, 1mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMhPCIF1 WW domain[U-15N]1
20 mMsodium phosphate1
20 mMsodium chloride1
1 mMDTT[U-2H]1
1 mMsodium azide1
0.6 mMhPCIF1 WW domain[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphate2
20 mMsodium chloride2
1 mMDTT[U-2H]2
1 mMsodium azide2
0.6 mMhPCIF1 WW domain3
20 mMsodium phosphate3
20 mMsodium chloride3
1 mMDTT[U-2H]3
1 mMsodium azide3
0.6 mMhPCIF1 WW domain[U-13C; U-15N]4
20 mMsodium phosphate4
20 mMsodium chloride4
1 mMDTT[U-2H]4
1 mMsodium azide4
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettcollection
X-PLORBrunger構造決定
X-PLORBrunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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