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万見
- PDB-2jwl: Solution Structure of periplasmic domain of TolR from H. influenz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jwl
タイトルSolution Structure of periplasmic domain of TolR from H. influenzae with SAXS data
要素Protein tolR
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROTEIN / Periplasmic domain / membrane / Inner membrane / Protein transport / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / protein transport / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #270 / Tol-Pal system protein TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tol-Pal system protein TolR
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Parsons, L.M. / Bax, A. / Grishaev, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The Periplasmic Domain of TolR from Haemophilus influenzae Forms a Dimer with a Large Hydrophobic Groove: NMR Solution Structure and Comparison to SAXS Data.
著者: Parsons, L.M. / Grishaev, A. / Bax, A.
履歴
登録2007年10月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein tolR
B: Protein tolR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0122
ポリマ－16,0122
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein tolR


分子量: 8006.144 Da / 分子数: 2 / 断片: periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
解説: the vector was modified to include a native E.coli GST-tag.
遺伝子: tolR / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-star-(DE3) / 参照: UniProt: P43769

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D 1H-15N NOESY
1813D H(CCO)NH
1913D 1H-13C NOESY
11013D HN(CO)CA
11113D HNCO-QJ

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試料調製

詳細内容: 0.5-1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TolR, 50 mM sodium phosphate, 50-100 mM sodium chloride, 0.05 mM EDTA, 93% H2O/7% D2O
溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTolR[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
0.05 mMEDTA1
5 %D2O1
試料状態pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddard, T.D. et al.peak picking
SparkyGoddard, T.D. et al.データ解析
CNS1.1Brunger, A.T. et al.精密化
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
TALOSCornilescu, G. et al.dihedral angle prediction
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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