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- PDB-2jw1: Structural characterization of the type III pilotin-secretin inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jw1
タイトルStructural characterization of the type III pilotin-secretin interaction in Shigella flexneri by NMR spectroscopy
要素
  • Lipoprotein mxiM
  • Outer membrane protein mxiD
キーワードMEMBRANE PROTEIN / protein-protein interaction / Lipoprotein / Membrane / Outer membrane / Palmitate / Plasmid / Virulence / Protein transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Pilot protein MxiM / Pilot protein MxiM / MxiM superfamily / Pilot protein MxiM / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like ...Pilot protein MxiM / Pilot protein MxiM / MxiM superfamily / Pilot protein MxiM / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system pilotin / Type 3 secretion system secretin
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Okon, M.S. / Lario, P.I. / Creagh, L. / Jung, Y.M.T. / Maurelli, A.T. / Strynadka, N.C.J. / McIntosh, L.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Characterization of the Type-III Pilot-Secretin Complex from Shigella flexneri
著者: Okon, M. / Moraes, T.F. / Lario, P.I. / Creagh, A.L. / Haynes, C.A. / Strynadka, N.C. / McIntosh, L.P.
履歴
登録2007年10月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein mxiM
B: Outer membrane protein mxiD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0352
ポリマ－15,0352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein mxiM


分子量: 12903.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: mxiM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A1X2
#2: タンパク質・ペプチド Outer membrane protein mxiD


分子量: 2131.315 Da / 分子数: 1 / Fragment: sequence database residues 549-566 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q04641

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
19113C/15N F1,F2-filtered NOESY
110113C/15N F1,F2-filtered TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.3 -0.5 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] MxiM(28-142), 0.5 - 0.7 mM MxiD(553-570), 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMMxiM(28-142)[U-95% 13C; U-95% 15N]1
0.5 mMMxiD(553-570)1
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientific解析
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: Additional water refinement was made for each of submitted conformers
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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