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- PDB-2jvy: Solution Structure of the EDA-ID-related C417F mutant of human NE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jvy
タイトルSolution Structure of the EDA-ID-related C417F mutant of human NEMO zinc finger
要素NF-kappa-B essential modulator
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CCHC classical zinc finger / CCHF mutant zinc finger / EDA-ID C417F mutant of NEMO zinc finger / beta-beta-alpha fold / Coiled coil / Cytoplasm / Disease mutation / Ectodermal dysplasia / Host-virus interaction / Nucleus / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / IkappaB kinase complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / SUMOylation of immune response proteins ...IKBKB deficiency causes SCID / IKBKG deficiency causes anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency (EDA-ID) (via TLR) / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / IkappaB kinase complex / establishment of vesicle localization / linear polyubiquitin binding / transferrin receptor binding / IkBA variant leads to EDA-ID / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / SUMOylation of immune response proteins / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / anoikis / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of macroautophagy / polyubiquitin modification-dependent protein binding / canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin ligase complex / signaling adaptor activity / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of TNFR1 signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / PKR-mediated signaling / response to virus / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / spindle pole / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / mitotic spindle / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / protein-containing complex assembly / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / protein domain specific binding / protein heterodimerization activity / innate immune response / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - ドメイン・相同性
NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Cordier, F. / Vinolo, E. / Veron, M. / Delepierre, M. / Agou, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of NEMO zinc finger and impact of an anhidrotic ectodermal dysplasia with immunodeficiency-related point mutation.
著者: Cordier, F. / Vinolo, E. / Veron, M. / Delepierre, M. / Agou, F.
履歴
登録2007年9月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-kappa-B essential modulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3472
ポリマ－3,2821
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド NF-kappa-B essential modulator / NEMO / NF-kappa-B essential modifier / Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit gamma / ...NEMO / NF-kappa-B essential modifier / Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit gamma / IkB kinase subunit gamma / I-kappa-B kinase gamma / IKK-gamma / IKKG / IkB kinase-associated protein 1 / IKKAP1 / FIP-3


分子量: 3281.732 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger domain / 変異: C417F / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide, termini-blocked by N-acetyl and C-amide groups
参照: UniProt: Q9Y6K9
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D purged-COSY

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試料調製

詳細内容: 1 mM NEMO ZF-C417F, 2 mM ZnS04, 2 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1 mMNEMO ZF-C417F1
2 mMZnS041
2 mMTCEP1
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
NMRPipe2.2Delaglio, F. et al.解析
NMRView5.03Johnson, B.A. et al.データ解析
NMRView5.03Johnson, B.A. et al.peak picking
NMRView5.03Johnson, B.A. et al.chemical shift assignment
ARIA1.2Linge, J.P. et al.構造決定
ARIA1.2Linge, J.P. et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was determined using NOEs and dihedral angles data. Tetrahedral geometry of the zinc coordination was assumed involving only the thiol groups of C6 and C9 and the NE2 atom of ...詳細: The structure was determined using NOEs and dihedral angles data. Tetrahedral geometry of the zinc coordination was assumed involving only the thiol groups of C6 and C9 and the NE2 atom of H22. Of the 200 calculated conformers, the 80 conformers with the lowest total energy were refined in water. The 10 refined conformers of lowest energy represent the final ensemble.
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 11 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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