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万見
- PDB-2jv5: Nogo54 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jv5
タイトルNogo54
要素Reticulon-4
キーワードPROTEIN BINDING / Nogo54 / Alternative splicing / Endoplasmic reticulum / Membrane / Phosphorylation / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of ERBB3 signaling pathway / endoplasmic reticulum tubular network formation / endoplasmic reticulum tubular network organization / cerebral cortex radial glia-guided migration / positive regulation of neutrophil migration / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / endoplasmic reticulum tubular network membrane / negative regulation of vasculogenesis / positive regulation of artery morphogenesis ...cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of ERBB3 signaling pathway / endoplasmic reticulum tubular network formation / endoplasmic reticulum tubular network organization / cerebral cortex radial glia-guided migration / positive regulation of neutrophil migration / endoplasmic reticulum tubular network membrane organization / endoplasmic reticulum tubular network membrane / negative regulation of vasculogenesis / positive regulation of artery morphogenesis / positive regulation of macrophage migration / cell migration involved in vasculogenesis / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / intracellular sphingolipid homeostasis / endoplasmic reticulum tubular network / regulation of branching morphogenesis of a nerve / central nervous system vasculogenesis / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / nuclear pore complex assembly / protein localization to lysosome / cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of axon extension / leukocyte migration involved in inflammatory response / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / blastocyst formation / endoplasmic reticulum organization / axonal fasciculation / positive regulation of hepatocyte proliferation / anchoring junction / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of amyloid-beta formation / regulation of cell migration / modulation of chemical synaptic transmission / neuron differentiation / brain development / negative regulation of cell growth / positive regulation of angiogenesis / cell junction / nuclear envelope / cellular response to hypoxia / regulation of apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynaptic density / protein stabilization / cadherin binding / neuron projection / glutamatergic synapse / apoptotic process / synapse / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2480 / Reticulon / Reticulon / Reticulon domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Li, M. / Song, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure-based design of buffer-soluble Nogo54: a molecular mimic of Nogo-66 to inhibit CNS neuron regeneration
著者: Li, M. / Song, J.
履歴
登録2007年9月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reticulon-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1861
ポリマ－6,1861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Reticulon-4 / Neurite outgrowth inhibitor / Nogo protein / Foocen / Neuroendocrine-specific protein / NSP / ...Neurite outgrowth inhibitor / Nogo protein / Foocen / Neuroendocrine-specific protein / NSP / Neuroendocrine-specific protein C homolog / RTN-x / Reticulon-5


分子量: 6186.020 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1055-1108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RTN4, KIAA0886, NOGO / プラスミド: pet32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQC3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.1mM [U-100% 15N] nogo protein; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.1 mM / 構成要素: nogo protein / Isotopic labeling: [U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 10 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software名称: CYANA / 開発者: Guntert, Mumenthaler and Wuthrich / 分類: 精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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