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万見
- PDB-2jv3: Ets-1 PNT domain (29-138) NMR structure ensemble -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jv3
タイトルEts-1 PNT domain (29-138) NMR structure ensemble
要素ETS1 proto-oncogene
キーワードTRANSCRIPTION / ETS-1 Pointed (PNT) Domain / MAP Kinase phosphorylation site / alpha-helical bundle / transcription factor / DNA-binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


Oncogene Induced Senescence / regulation of extracellular matrix disassembly / histone acetyltransferase binding / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding ...Oncogene Induced Senescence / regulation of extracellular matrix disassembly / histone acetyltransferase binding / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 1. ...Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein C-ets-1 / E26 avian leukemia oncogene 1, 5' domain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing, MD, SA
Model detailsEts-1 PNT domain (residues 29-138), 25 structures.
データ登録者Lee, G.M. / Kang, H. / Schaerpf, M. / Slupsky, C.M. / Lawrence, M.P.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Ets-1 PNT domain (29-138) NMR structure ensemble
著者: Kang, H. / Nelson, M.L. / Lee, G.M. / Graves, B.J. / McIntosh, L.P.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Structure of the Ets-1 pointed domain and mitogen-activated protein kinase phosphorylation site
著者: Slupsky, C.M. / Gentile, L.N. / Donaldson, L.W. / Mackereth, C.D. / Seidel, J.J. / Graves, B.J. / McIntosh, L.P.
履歴
登録2007年9月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年10月16日ID: 1BQV
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ETS1 proto-oncogene


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5681
ポリマ－12,5681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ETS1 proto-oncogene / E26 avian leukemia oncogene 1 / 5' domain


分子量: 12567.518 Da / 分子数: 1 / 断片: Ets-1 PNT Domain (residues 29-138) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ets1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) / 参照: UniProt: Q540Q5, UniProt: P27577*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Ets-1 PNT domain (residues 29-138), 25 structures.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CCC-TOCSY-NNH
1413D HCC-TOCSY-NNH
1513D (H)CCH-TOCSY
161simultaneous 3D 15N-13C-NOESY
171simultaneous 3D 15N-13C-NOESY (methyl)
1813D 1H-13C NOESY(aromatics)
1922D 1H-15N IPAP HSQC
NMR実験の詳細Text: The structure was solved with a combination of NOESY and RDC data.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1200-300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] EtsPnt, sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2200-300 uM [U-100% 15N] EtsPnt, sodium phosphate, Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMEtsPnt, sodium phosphate[U-100% 13C; U-100% 15N]1
200 uMEtsPnt, sodium phosphate, Pf1 phage[U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
MOLMOL2K2Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
TALOS2003.027.13.05Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthur構造決定
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing, MD, SA / ソフトェア番号: 1
詳細: 10000 steps @ 10000K, time step = 0.003fs, 10000K -> 1000 K in 5000 steps (first stage); 1000 K -> 50K in 4000 steps (second stage). Final 25 structures refined in Aria water box.
NMR constraintsNOE constraints total: 3632 / NOE intraresidue total count: 932 / NOE long range total count: 995 / NOE medium range total count: 1014 / NOE sequential total count: 691 / Hydrogen bond constraints total count: 34 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 89 / Protein psi angle constraints total count: 89
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 2.909 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25 / Maximum torsion angle constraint violation: 12 ° / Torsion angle constraint violation method: CNS/ARIA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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