PDB-2jut: alpha RgIA, a Novel Conotoxin that Blocks the alpha9-alpha10 nAChR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jut

タイトル

alpha RgIA, a Novel Conotoxin that Blocks the alpha9-alpha10 nAChR

要素

Alpha-conotoxin RgIA

キーワード

SIGNALING PROTEIN INHIBITOR / TOXIN / two-loop backbone architecture / disulfide bond

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature. / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin RgIA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

related to 15367,15368 and 15435

データ登録者

Feng, Z. / Ellison, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Alpha-RgIA, a novel conotoxin that blocks the alpha9alpha10 nAChR: structure and identification of key receptor-binding residues.
著者: Ellison, M. / Feng, Z.P. / Park, A.J. / Zhang, X. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Norton, R.S.

履歴

登録	2007年9月2日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jut.cif.gz	71.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jut.ent.gz	50.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jut.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jut_validation.pdf.gz	336.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jut_full_validation.pdf.gz	432.3 KB	表示
XML形式データ	2jut_validation.xml.gz	6.4 KB	表示
CIF形式データ	2jut_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/2jut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/2jut	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2juqC 2jurC 2jusC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mq2-d 1ncp-d 6xti-d 6x8r-d 1orx-d 2mtt-d 1sx1-d 5wye-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 15436 BMRB: 15367 BMRB: 15368 BMRB: 15435

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin RgIA

1.58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #20	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin RgIA / alpha-RgIA 分子量: 1578.868 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 20-32 / 変異: P6V / 由来タイプ: 合成詳細: sequence occurs naturally in Conus regius (Crown cone) 参照: UniProt: P0C1D0
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	2D 1H-1H TOCSY
1	5	1	2D DQF-COSY
1	6	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.0 mM toxin, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: toxin
試料状態	pH: 5 / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	3

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR NIH / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore / 分類: 精密化
精密化	手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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