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万見
- PDB-2jto: Solution Structure of Tick Carboxypeptidase Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jto
タイトルSolution Structure of Tick Carboxypeptidase Inhibitor
要素Carboxypeptidase inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / PROTEIN / Blood coagulation / Fibrinolysis / Metalloenzyme inhibitor / Metalloprotease inhibitor / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


acquisition of nutrients from host / metalloendopeptidase inhibitor activity / enzyme inhibitor activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase inhibitor, N-terminal domain / Carboxypeptidase inhibitor I68 / Carboxypeptidase inhibitor I68 / Anthopleurin-A / Myotoxin/Anemone neurotoxin domain superfamily / Anthopleurin-A / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Single Sheet / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Rhipicephalus bursa (ダニ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Pantoja-Uceda, D. / Blanco, F.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The NMR structure and dynamics of the two-domain tick carboxypeptidase inhibitor reveal flexibility in its free form and stiffness upon binding to human carboxypeptidase B.
著者: Pantoja-Uceda, D. / Arolas, J.L. / Garcia, P. / Lopez-Hernandez, E. / Padro, D. / Aviles, F.X. / Blanco, F.J.
履歴
登録2007年8月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9451
ポリマ－7,9451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase inhibitor / TCI


分子量: 7945.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus bursa (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EPH2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H COSY
1422D 1H-15N HSQC
1523D 1H-15N NOESY
1623D 1H-15N TOCSY
1722D 1H-1H NOESY
1822D 1H-1H TOCSY
1922D 1H-15N HSQC
11023D HNHA
11123D HNHB
11232D 1H-15N HSQC
11332D 1H-13C HSQC
11433D HNCO
11533D CBCA(CO)NH
11633D HN(CA)CB
11733D C(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.76 mM [U-100% 15N] TCI, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.7 mM [U-100% 15N] TCI, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TCI, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.76 mMTCI[U-100% 15N]1
0.7 mMTCI[U-100% 15N]2
0.1 mMTCI[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態イオン強度: 78.4 / pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MARSJung adn Markus Zweckstetterchemical shift calculation
GARANTBartels, Guntert, Billeter and Wuthrichchemical shift calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Koll精密化
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
VADARDS Wishartデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: stucture calculation with torsion angel dynamics, the 20 conformers with the lowest final CYANA target were subjected to restrained energy minimization energy in vacuo with the program AMBER7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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