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万見
- PDB-2jsp: The prokaryotic Cys2His2 zinc finger adopts a novel fold as revea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jsp
タイトルThe prokaryotic Cys2His2 zinc finger adopts a novel fold as revealed by the NMR structure of A. tumefaciens Ros DNA binding domain
要素Transcriptional regulatory protein ros
キーワードGENE REGULATION / prokaryotic Cys2His2 zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
ROS/MUCR transcriptional regulator protein / ROS/MUCR transcriptional regulator / ROS/MUCR transcriptional regulator superfamily / ROS/MUCR transcriptional regulator protein / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein ros
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Malgieri, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: The prokaryotic Cys2His2 zinc-finger adopts a novel fold as revealed by the NMR structure of Agrobacterium tumefaciens Ros DNA-binding domain.
著者: Malgieri, G. / Russo, L. / Esposito, S. / Baglivo, I. / Zaccaro, L. / Pedone, E.M. / Di Blasio, B. / Isernia, C. / Pedone, P.V. / Fattorusso, R.
履歴
登録2007年7月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulatory protein ros


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9541
ポリマ－9,9541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulatory protein ros


分子量: 9954.439 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: ros / プラスミド: pET-11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04152

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1432D 1H-1H NOESY
1523D CBCA(CO)NH
1623D CBCANH
1723D HNCO
1823D HNCA
1913D HNHA
11023D 1H-13C NOESY
11113D 1H-15N NOESY
11223D CCH-TOCSY
11313D 1H-15N TOCSY
11432D 1H-1H TOCSY
11522D 1H-15N HSQC IPAP
11622D 1H-15N HSQC IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] Ros87, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ros87, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM Ros87, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRos87[U-100% 15N]1
1 mMRos87[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mMRos873
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003
Bruker AvanceBrukerAVANCE8004

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
XEASYBartels, C. et al.データ解析
Procheck-NMRLaskowski, R.A. et al.データ解析
ModelFreePalmer III, A.G. et al.データ解析
MOLMOLKoradi, R. et al.データ解析
SPDBGuex, N. et al.データ解析
CYANAGuntert, P. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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