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万見
- PDB-2js1: Solution NMR structure of the homodimer protein YVFG from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2js1
タイトルSolution NMR structure of the homodimer protein YVFG from Bacillus subtilis, Northeast Structural Genomics Consortium Target SR478
要素Uncharacterized protein yvfG
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / helical bundle / homodimer / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Helix Hairpins - #40 / Uncharacterised domain YvfG / YvfG domain superfamily / YvfG protein / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Uncharacterized protein YvfG
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Macnaughtan, M.A. / Weldeghiorghis, T. / Wang, X. / Bansal, S. / Tian, F. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. ...Macnaughtan, M.A. / Weldeghiorghis, T. / Wang, X. / Bansal, S. / Tian, F. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure of the Bacillus subtilis Protein YvfG.
著者: Macnaughtan, M.A. / Weldeghiorghis, T. / Wang, X. / Bansal, S. / Tian, F. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. ...著者: Macnaughtan, M.A. / Weldeghiorghis, T. / Wang, X. / Bansal, S. / Tian, F. / Wang, D. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42020年2月19日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein yvfG
B: Uncharacterized protein yvfG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1122
ポリマ－19,1122
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein yvfG


分子量: 9555.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yvfG, BSU34210 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71066

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Solution Structure of B. subtilis protein SR478
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CB
1412D 1H-13C HSQC ALIPH
1532D 1H-13C HSQC ALIPH 13C-Coupled
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D CBCA(CO)NH
1813D 1H-13C NOESY ALIPH
1923D 1H-13C NOESY ALIPH NC-14N
11013D 1H-15N NOESY
11113D H(CCO)NH
11213D C(CO)NH
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11412D 1H-13C HSQC aromatic
11512D 1H-15N HSQC NH2
11642D 1H-15N HSQC RDC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-13C; U-15N] protein, 10 mM Tris, 100 mM Sodium chloride, 0.02 % Sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 0.5 mM SR478, 10 mM Tris, 100 mM Sodium chloride, 0.02 % Sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.9 mM [U-5% 13C; U-15N] protein, 10 mM Tris, 100 mM Sodium chloride, 0.02 % Sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.6 mM [U-5% 13C; U-15N] protein, 10 mM Tris, 100 mM Sodium chloride, 0.02 % Sodium azide, 4 % Pentaethyleneglycol monodecyl ether/hexanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMSR478[U-13C; U-15N]1
10 mMTris1
100 mMSodium chloride1
0.02 %Sodium azide1
0.5 mMSR478-1[U-13C; U-15N]2
0.5 mMSR478-22
10 mMTris2
100 mMSodium chloride2
0.02 %Sodium azide2
0.9 mMSR478[U-5% 13C; U-15N]3
10 mMTris3
100 mMSodium chloride3
0.02 %Sodium azide3
0.6 mMSR478[U-5% 13C; U-15N]4
10 mMTris4
100 mMSodium chloride4
0.02 %Sodium azide4
4 %Pentaethyleneglycol monodecyl ether/hexanol4
試料状態pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
smartnotebook(Smartnotebook) Slupsky, Boyko, Booth, and Sykeschemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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