PDB-2jrw: Solution structure of Cyclic extended Pep1(Cyc.ext.Pep.1) for aut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jrw

タイトル

Solution structure of Cyclic extended Pep1(Cyc.ext.Pep.1) for autoimmune myasthenia gravis

要素

Cyclic extended Pep.1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / acetylcholine receptor / phage display / peptide cyclization

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

データ登録者

Jung, H.H. / Yi, H.J. / Lee, S.K. / Lee, J.Y. / Jung, H.J. / Yang, S.T. / Eu, Y.-J. / Im, S.-H. / Kim, J.I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of immunotherapeutic peptides for autoimmune Myasthenia gravis
著者: Jung, H.H. / Yi, H.J. / Lee, S.K. / Lee, J.Y. / Jung, H.J. / Yang, S.T. / Eu, Y.-J. / Im, S.-H. / Kim, J.I.

履歴

登録	2007年6月29日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jrw.cif.gz	107.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jrw.ent.gz	74 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jrw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jrw_validation.pdf.gz	341.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jrw_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	2jrw_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	2jrw_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/2jrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/2jrw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jrvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hif-d 6d8h-d 1qdf-d 1bub-d 5vti-d 1wy4-d 2gmd-d 1dkc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic extended Pep.1

2.68 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	16 / 16	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Cyclic extended Pep.1 分子量: 2678.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid Phase Peptide Synthesis
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM protein; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: protein
試料状態	pH: 3.1 / 圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR		Brunger	精密化
X-PLOR		Brunger	chemical shift assignment
ANSIG	3.3	Kraulis	chemical shift assignment

精密化

手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 16 / 登録したコンフォーマーの数: 16 / Maximum lower distance constraint violation: 1.8 Å / Maximum upper distance constraint violation: 6 Å / Torsion angle constraint violation method: PROCHECK_NMR

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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