[日本語] English
万見
- PDB-2jp8: Angiotensin 1-7 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jp8
タイトルAngiotensin 1-7
要素Angiotensin-(1-7)
キーワードSIGNALING PROTEIN / bend
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / : / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger ...regulation of blood volume by renin-angiotensin / response to muscle activity involved in regulation of muscle adaptation / type 2 angiotensin receptor binding / regulation of renal sodium excretion / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / negative regulation of neurotrophin TRK receptor signaling pathway / : / regulation of extracellular matrix assembly / regulation of renal output by angiotensin / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / renal system process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / positive regulation of CoA-transferase activity / vasoconstriction / low-density lipoprotein particle remodeling / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to angiotensin / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / blood vessel remodeling / regulation of vasoconstriction / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of MAP kinase activity / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of endothelial cell migration / Peptide ligand-binding receptors / kidney development / positive regulation of cytokine production / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of cell growth / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / PPARA activates gene expression / hormone activity / regulation of blood pressure / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of fibroblast proliferation / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / regulation of apoptotic process / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Angiotensinogen, serpin domain / Angiotensinogen / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lula, I. / Denadai, A.L. / Resende, J.M. / de Souza, F.B. / de Lima, G.F. / Pilo-Veloso, D. / Heine, T. / Duarte, H.A. / Santos, R.A.S. / Sinesterra, R.D.
引用ジャーナル: Peptides / 年: 2007
タイトル: Study of angiotensin-(1-7) vasoactive peptide and its beta-cyclodextrin inclusion complexes: complete sequence-specific NMR assignments and structural studies
著者: Lula, I. / Denadai, A.L. / Resende, J.M. / de Sousa, F.B. / de Lima, G.F. / Pilo-Veloso, D. / Heine, T. / Duarte, H.A. / Santos, R.A. / Sinisterra, R.D.
履歴
登録2007年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Angiotensin-(1-7)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9011
ポリマ－9011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Angiotensin-(1-7) / Serpin A8 / Angiotensinogen


分子量: 901.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The heptapeptide Angiotensin-(1-7), is an endogenous peptide naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: P01019

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-13C HSQC
1412D 1H-13C HMBC

-
試料調製

詳細内容: 12.0 mM angiotensin, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 12.0 mM / 構成要素: angiotensin
試料状態イオン強度: 12 / pH: 2.9 / 圧: ambient / 温度: 278 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance DRXBrukerAVANCE DRX4001
Bruker Avance DRXBrukerAVANCE DRX6002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Starting with an extended structure, 100 structures were generated using a simulated annealing protocol. This was followed by 18000 steps of simulated annealing at 1000 K and a subsequent ...詳細: Starting with an extended structure, 100 structures were generated using a simulated annealing protocol. This was followed by 18000 steps of simulated annealing at 1000 K and a subsequent decrease in temperature in 6000 steps in the first slow-cool annealing stage.
NMR constraintsNOE constraints total: 59 / NOE intraresidue total count: 40 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 7 / NOE sequential total count: 12
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0 Å / Distance rms dev error: 0 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る