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- PDB-2jp1: Solution structure of the alternative conformation of XCL1/Lympho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jp1
タイトルSolution structure of the alternative conformation of XCL1/Lymphotactin
要素Lymphotactin
キーワードCYTOKINE / Lymphotactin / XCL1 / chemokine / structural rearrangement / protein folding
機能・相同性
機能・相同性情報


mature natural killer cell chemotaxis / positive regulation of granzyme A production / negative regulation of T-helper 1 cell activation / positive regulation of immunoglobulin production in mucosal tissue / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of B cell chemotaxis / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of natural killer cell chemotaxis ...mature natural killer cell chemotaxis / positive regulation of granzyme A production / negative regulation of T-helper 1 cell activation / positive regulation of immunoglobulin production in mucosal tissue / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of B cell chemotaxis / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / chemokine receptor binding / positive regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of T cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / eosinophil chemotaxis / chemokine activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / release of sequestered calcium ion into cytosol / neutrophil chemotaxis / cellular response to interleukin-4 / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of T cell cytokine production / response to virus / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / regulation of inflammatory response / G alpha (q) signalling events / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
C chemokine / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT
データ登録者Volkman, B.F. / Tuinstra, R.L. / Peterson, F.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Interconversion between two unrelated protein folds in the lymphotactin native state
著者: Tuinstra, R.L. / Peterson, F.C. / Kutlesa, S. / Elgin, E.S. / Kron, M.A. / Volkman, B.F.
履歴
登録2007年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lymphotactin
B: Lymphotactin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5742
ポリマ－20,5742
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Lymphotactin / XCL1 / Cytokine SCM-1 / ATAC / Lymphotaxin / SCM-1-alpha / Small inducible cytokine C1 / XC chemokine ligand 1


分子量: 10286.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XCL1, LTN, SCYC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG130099[pREP4] / 参照: UniProt: P47992
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1423D 13C-F1-filtered 13C-F3-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM XCL1 U-15N/13C, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
20.6 mM XCL1 U-15N/13C, 0.6 mM XCL1 unlabeled, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMXCL1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.6 mMXCL1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.6 mMXCL1-2unlabeled2
試料状態イオン強度: 22 / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 313 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.9.3SCHWIETERS,C.D.,KUSZEWSKI,J.J.,TJANDRA,N.,CLORE,G.M.精密化
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe2004Delagio,F. et al.解析
XEASY1.3Eccles, C., Guntert, P., Billeter, M., Wuthrich, K.データ解析
SPSCAN1.1.0R.W. Glaserデータ解析
GARANT2.1C. Bartelsデータ解析
CYANA2.1Guntert, P.structural calculation
精密化手法: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT
ソフトェア番号: 1
詳細: HOMODIMER STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1295 NOE CONSTRAINTS ( 320 INTRA, 370 SEQUENTIAL, 104 MEDIUM, 420 LONG RANGE and 81 INTERMONOMER CONSTRAINTS) AND 131 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE ...詳細: HOMODIMER STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1295 NOE CONSTRAINTS ( 320 INTRA, 370 SEQUENTIAL, 104 MEDIUM, 420 LONG RANGE and 81 INTERMONOMER CONSTRAINTS) AND 131 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS. CONSTRAINT WERE IN ONE ASSIGNED AND VALIDATED IN ONE MONOMER AND THEN DUPLICATED TO GENERATE A SYMMETRY RELATED CONSTRAINT IN THE SECOND MONOMER. CONSTRAINT TOTALS LISTED ABOVE INCLUDE CONSTRAINTS FROM BOTH MONOMERS.
NMR constraintsNOE constraints total: 1295 / NOE intraresidue total count: 320 / NOE long range total count: 420 / NOE medium range total count: 104 / NOE sequential total count: 370 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 64 / Protein psi angle constraints total count: 65
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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