PDB-2jof: The Trp-cage: Optimizing the Stability of a Globular Miniprotein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jof

タイトル

The Trp-cage: Optimizing the Stability of a Globular Miniprotein

要素

TRP-CAGE

キーワード

DE NOVO PROTEIN / miniprotein / two-state folding / Trp-cage

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing

データ登録者

Barua, B. / Andersen, N.H.

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2008
タイトル: The Trp-cage: optimizing the stability of a globular miniprotein
著者: Barua, B. / Lin, J.C. / Williams, V.D. / Kummler, P. / Neidigh, J.W. / Andersen, N.H.

履歴

登録	2007年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jof.cif.gz	136.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jof.ent.gz	96.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jof_validation.pdf.gz	466.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jof_full_validation.pdf.gz	760.7 KB	表示
XML形式データ	2jof_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	2jof_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/2jof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/2jof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jrj 1l2y
類似構造データ	7edk-d 2ldj-d 6j37-d 1l2y-d 6b5w-d 5ui7-d 1nzs-d 2km9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 15169

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRP-CAGE

2.09 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	28 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	TRP-CAGE 分子量: 2088.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.0 mM TRP-CAGE, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.0 mM / 構成要素: TRP-CAGE
試料状態	イオン強度: 0.020 / pH: 7.00 / 圧: ambient / 温度: 280 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber	6	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Koll	精密化
CNS	1.1	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
Sparky	3.11	Goddard	chemical shift assignment
NMRDraw	2.3	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
XwinNMR	2.6	Bruker Biospin	collection

精密化

手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Steepest descent minimization

NMR constraints

NOE constraints total: 186 / NOE intraresidue total count: 85 / NOE long range total count: 28 / NOE medium range total count: 21 / NOE sequential total count: 52

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 28 / Maximum lower distance constraint violation: -0.2 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.2 Å

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.0351 Å / Distance rms dev error: 0.0038 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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