[日本語] English
万見
- PDB-2jm2: Structure of the N-terminal subdomain of insulin-like growth fact... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jm2
タイトルStructure of the N-terminal subdomain of insulin-like growth factor (IGF) binding protein-6 and its interactions with IGFs
要素Insulin-like growth factor-binding protein 6
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Insulin like growth factor binding protein / Growth Factor / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


insulin-like growth factor binary complex / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / insulin-like growth factor II binding / insulin-like growth factor I binding / fibronectin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell migration / positive regulation of MAPK cascade ...insulin-like growth factor binary complex / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / insulin-like growth factor II binding / insulin-like growth factor I binding / fibronectin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell migration / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor-binding protein 6 / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. ...Insulin-like growth factor-binding protein 6 / Insulin-like growth factor-binding protein family 1-6, chordata / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor-binding protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chandrashekaran, I.R. / Yao, S. / Wang, C.C. / Bansal, P.S. / Alewood, P.F. / Forbes, B.E. / Wallace, J.C. / Bach, L.A. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: The N-Terminal Subdomain of Insulin-like Growth Factor (IGF) Binding Protein 6. Structure and Interaction with IGFs
著者: Chandrashekaran, I.R. / Yao, S. / Wang, C.C. / Bansal, P.S. / Alewood, P.F. / Forbes, B.E. / Wallace, J.C. / Bach, L.A. / Norton, R.S.
履歴
登録2006年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_entity_src_syn.details ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42022年10月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / diffrn ...database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / entity_name_com / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.label / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_spectrometer.type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.52023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.72024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor-binding protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3691
ポリマ－4,3691
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin-like growth factor-binding protein 6 / IBP-6 / IGF-binding protein 6 / IGFBP-6


分子量: 4368.759 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal subdomain of IGFBP-6, residues 25-69 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P24592
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1312D DQF-COSY

-
試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1.1 mM IGFBP-6, 95% H2O/5% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1.1 mM / 構成要素: IGFBP-6 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 10 / Label: 1 / pH: 4.3 Not defined / 圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5003

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAP Guntert, C Mumenthaler and K Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHCD Schwieters, JJ Kuszewski, N Tjandra and GM Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: The structures are based on a total of 446 restraints, 428 are noe-derived distance constraints, 18 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る