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- PDB-2jk8: Type IV secretion system effector protein BepA complexed with a p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jk8
タイトルType IV secretion system effector protein BepA complexed with a pyrophosphate moiety
要素PUTATIVE CELL FILAMENTATION PROTEIN (BEPA PROTEIN)
キーワードCELL ADHESION / T4SS / OB FOLD / FIC DOMAIN / SUBSTRATE PROTEIN / PROTEIN TRANSLOCATION
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / regulation of cell division / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
BepA, intracellular delivery domain / Intracellular delivery domain / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...BepA, intracellular delivery domain / Intracellular delivery domain / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NICKEL (II) ION / Protein adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種BARTONELLA HENSELAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Palanivelu, D.V. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Fic Domain Catalyzed Adenylylation: Insight Provided by the Structural Analysis of the Type Iv Secretion System Effector Bepa.
著者: Palanivelu, D.V. / Goepfert, A. / Meury, M. / Guye, P. / Dehio, C. / Schirmer, T.
履歴
登録2008年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22011年11月2日Group: Database references / Other / Refinement description
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE CELL FILAMENTATION PROTEIN (BEPA PROTEIN)
B: PUTATIVE CELL FILAMENTATION PROTEIN (BEPA PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5669
ポリマ－68,7642
非ポリマー8027
水1267
1
A: PUTATIVE CELL FILAMENTATION PROTEIN (BEPA PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0315
ポリマ－34,3821
非ポリマー6494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE CELL FILAMENTATION PROTEIN (BEPA PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5354
ポリマ－34,3821
非ポリマー1533
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.948, 82.877, 126.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ILEILEPROPROAA13 - 2213 - 22
211ILEILEPROPROBB13 - 2213 - 22
121THRTHRILEILEAA26 - 3326 - 33
221THRTHRILEILEBB26 - 3326 - 33
131LEULEUSERSERAA36 - 5836 - 58
231LEULEUSERSERBB36 - 5836 - 58
141TYRTYRALAALAAA62 - 10062 - 100
241TYRTYRALAALABB62 - 10062 - 100
151NINININIAC501
251NINININIBG501
161HOHHOHHOHHOHAJ2001 - 2002
261HOHHOHHOHHOHBK2001 - 2002
171NINININIAD502
271NINININIBH502
181HOHHOHHOHHOHAJ2003
281HOHHOHHOHHOHBK2003
112ARGARGGLUGLUAA125 - 142125 - 142
212ARGARGGLUGLUBB125 - 142125 - 142
122PHEPHELEULEUAA144 - 155144 - 155
222PHEPHELEULEUBB144 - 155144 - 155
132PROPROGLUGLUAA160 - 174160 - 174
232PROPROGLUGLUBB160 - 174160 - 174
142LEULEUARGARGAA176 - 238176 - 238
242LEULEUARGARGBB176 - 238176 - 238
113METMETGLYGLYAA246 - 256246 - 256
213METMETGLYGLYBB246 - 256246 - 256
123TYRTYRPROPROAA258 - 292258 - 292
223TYRTYRPROPROBB258 - 292258 - 292
133ILEILEALAALAAA296 - 300296 - 300
233ILEILEALAALABB296 - 300296 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.86795, -0.49152, -0.0712), (-0.48379, -0.86915, 0.10261), (-0.11232, -0.05462, -0.99217)44.181, 145.429, 137.406
2given(0.86803, -0.49494, -0.03941), (-0.49375, -0.86884, 0.03652), (-0.05231, -0.01224, -0.99856)42.974, 148.572, 134.811

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PUTATIVE CELL FILAMENTATION PROTEIN (BEPA PROTEIN) / BEPA


分子量: 34382.156 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-302 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL (HIS)6-TAG WITH THROMBIN CLEAVAGE SITE
由来: (組換発現) BARTONELLA HENSELAE (バクテリア)
プラスミド: PRUN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q6G2A9

-
非ポリマー , 5種, 14分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE (ATP): ONLY TWO PHOSPHATES ARE VISIBLE IN THE DENSITY
配列の詳細IN BOTH CHAINS, RESIDUES 1 TO 11 ARE MISSING DUE TO DISORDER AND RESIDUES 303 TO 544 ARE MISSING ...IN BOTH CHAINS, RESIDUES 1 TO 11 ARE MISSING DUE TO DISORDER AND RESIDUES 303 TO 544 ARE MISSING DUE TO PROTEOLYTIC CLEAVAGE AND - OR DISORDER.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.7
詳細: BETA-MERCAPTOETHANOL MIXED WITH 22 % POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1 M TRIS PH 8.7, 5 MM NICL2 IN A 1:1 (V:V) RATIO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→82.76 Å / Num. obs: 17907 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.45 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / % possible all: 55.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VY3

2vy3


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 33.897 / SU ML: 0.297 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.413 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 890 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 16976 91.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å20 Å20 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4668 0 15 7 4690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1891.9496161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86737419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2375567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21924.977221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.82415734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1021518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.22899
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.22390
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.258
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9421.52902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50924549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.71231820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2794.51612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11106tight positional0.20.05
21435tight positional0.140.05
3603tight positional0.110.05
11106tight thermal0.440.5
21435tight thermal0.350.5
3603tight thermal0.190.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 12 /
Rfactor反射数
Rfree0.409 56
Rwork0.308 1060
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91871.4178-1.48542.672-1.70313.9395-0.0495-0.1113-0.0754-0.0508-0.0820.02530.16460.2440.1315-0.22450.0103-0.0166-0.2483-0.0047-0.077411.25258.69249.117
23.0552.08372.5596.28451.08242.2340.1582-0.29920.26380.40880.0946-0.665-0.07650.6507-0.2528-0.0263-0.06380.09690.08730.02460.090513.07957.23270.225
39.674-0.73352.40026.8666-0.11134.8833-0.1276-1.00110.20161.01290.0148-0.1482-0.01310.59440.11270.2889-0.0257-0.13370.7292-0.00140.150717.41757.3486.359
42.2678-0.51890.58664.5769-0.21754.8670.1117-0.1234-0.0584-0.3135-0.06260.2906-0.2616-0.0578-0.0491-0.1330.01910.0143-0.2555-0.0145-0.080421.52594.29284.526
51.21810.267-0.18916.0943.69945.29640.23680.3518-0.0298-0.3076-0.0279-0.1221-0.79840.1711-0.20890.02810.0217-0.0696-0.15620.07690.005723.40994.36963.164
616.7805-2.45270.4668.007-0.980311.19920.62092.795-0.1949-1.9943-0.78690.1658-0.5049-0.01450.1660.5440.1625-0.0360.5483-0.01740.023126.47292.99747.247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1A701 - 702
4X-RAY DIFFRACTION1A2001 - 2004
5X-RAY DIFFRACTION2A181 - 244
6X-RAY DIFFRACTION3A245 - 302
7X-RAY DIFFRACTION4B13 - 180
8X-RAY DIFFRACTION4B501 - 502
9X-RAY DIFFRACTION4B601
10X-RAY DIFFRACTION5B181 - 244
11X-RAY DIFFRACTION6B245 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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