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- PDB-2jis: Human cysteine sulfinic acid decarboxylase (CSAD) in complex with PLP. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jis
タイトルHuman cysteine sulfinic acid decarboxylase (CSAD) in complex with PLP.
要素CYSTEINE SULFINIC ACID DECARBOXYLASE
キーワードLYASE (リアーゼ) / PYRIDOXAL PHOSPHATE (ピリドキサールリン酸) / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / PYRIDOXAL PHOSPHATE (PLP) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (SGC) / VITAMIN B6 (ビタミンB6) / DECARBOXYLASE (脱炭酸酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cysteine catabolic process to hypotaurine / スルフィノアラニンデカルボキシラーゼ / sulfinoalanine decarboxylase activity / L-cysteine catabolic process to taurine / Degradation of cysteine and homocysteine / アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ / aspartate 1-decarboxylase activity / taurine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #170 / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
硝酸塩 / ピリドキサールリン酸 / Cysteine sulfinic acid decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Collins, R. / Moche, M. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Collins, R. / Moche, M. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Stenmark, P. / Sundstrom, M. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / van den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Human Cysteine Sulfinic Acid Decarboxylase (Csad)
著者: Collins, R. / Moche, M. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Johansson, I. ...著者: Collins, R. / Moche, M. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Stenmark, P. / Sundstrom, M. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Holmberg-Schiavone, L.
履歴
登録2007年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYSTEINE SULFINIC ACID DECARBOXYLASE
B: CYSTEINE SULFINIC ACID DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,9166
ポリマ－115,2982
非ポリマー6184
水17,096949
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14470 Å2
ΔGint-116.1 kcal/mol
Surface area39350 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.318, 100.636, 163.104
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9646, 0.257, 0.05824), (0.2573, -0.9663, 0.002899), (0.0575, 0.01232, -0.9983)
ベクター: -28.01, 193.2, 90.94)

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要素

#1: タンパク質 CYSTEINE SULFINIC ACID DECARBOXYLASE / SULFINOALANINE DECARBOXYLASE / CYSTEINE-SULFINATE DECARBOXYLASE


分子量: 57648.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAIL / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION (MGC) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9Y600, スルフィノアラニンデカルボキシラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細OUR CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMINAL HEXAHISTIDINE SEQUENCE AND A LINKER REGION. THE CONFLICT ...OUR CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMINAL HEXAHISTIDINE SEQUENCE AND A LINKER REGION. THE CONFLICT ANNOTATED BELOW HAS BEEN ANNOTATED IN THE UNIPROT ENTRY AS COMING FROM EMBL ENTRY AAD32545.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.972
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 139849 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.8 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 9.14 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→39.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.156 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.179 5594 4 %RANDOM
Rwork0.153 ---
obs0.154 134254 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7571 0 38 949 8558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227957
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.241.9710791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.928313340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.51951006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77323.479365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.394151388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0141566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.26034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.23890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24021
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2240.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.31526359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53237879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4443549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.42552903
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.208 403
Rwork0.157 9681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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