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- PDB-2jhe: N-terminal domain of TyrR transcription factor (residues 1 - 190) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jhe
タイトルN-terminal domain of TyrR transcription factor (residues 1 - 190)
要素TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
キーワードTRANSCRIPTION / AROMATIC HYDROCARBONS CATABOLISM / TYRR PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATOR / REPRESSOR / ATP-BINDING / DNA-BINDING / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / phosphorelay signal transduction system / transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
TyrR family, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / PAS domain / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / ACT domain ...TyrR family, helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix domain / PAS domain / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / ACT domain / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / ACT domain profile. / ACT domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / Transcriptional regulatory protein TyrR
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Verger, D. / Carr, P.D. / Kwok, T. / Ollis, D.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the N-Terminal Domain of the Tyrr Transcription Factor Responsible for Gene Regulation of Aromatic Amino Acid Biosynthesis and Transport in Escherichia Coli K12
著者: Verger, D. / Carr, P.D. / Kwok, T. / Ollis, D.L.
履歴
登録2007年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
B: TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
C: TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
D: TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5158
ポリマ－86,8964
非ポリマー6194
水2,630146
1
A: TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
B: TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8725
ポリマ－43,4482
非ポリマー4243
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-38.4 kcal/mol
Surface area22840 Å2
手法PQS
2
C: TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
D: TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6423
ポリマ－43,4482
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-41.1 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.456, 72.009, 96.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION REGULATOR TYRR


分子量: 21723.998 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P07604
#2: 化合物 ChemComp-AE3 / 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL / APV


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INVOLVED IN TRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS AND TRANSPORT. MODULATES ...INVOLVED IN TRANSCRIPTIONAL REGULATION OF AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS AND TRANSPORT. MODULATES THE EXPRESSION OF AT LEAST 8 UNLINKED OPERONS. SEVEN OF THESE OPERONS ARE REGULATED IN RESPONSE TO CHANGES IN THE CONCENTRATION OF THE THREE AROMATIC AMINO ACIDS (PHENYLALANINE, TYROSINE AND TRYPTOPHAN).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.3
詳細: 0.31 M AMMONIUM SULFATE, 33% PEG-MME 5000, 0.1 M MES, PH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.969
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→24.4 Å / Num. obs: 40199 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→24.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 18.346 / SU ML: 0.244 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 1967 4.9 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.252 38114 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.15 Å20 Å2-1.14 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5716 0 38 146 5900
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225846
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8711.9737934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2415746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54523.566258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.97815939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2191552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.22599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4030.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8891.53907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4125994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32732179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4714.51940
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 139 -
Rwork0.266 2668 -
obs--94.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5680.1564-1.25593.9258-2.16563.49330.0288-0.4119-0.17090.24410.0327-0.1018-0.16220.0346-0.0614-0.18580.06050.0024-0.17370.0177-0.33859.7922.68616.563
24.44340.06951.01652.6339-1.43513.27-0.1184-0.08460.9946-0.03860.1308-0.3377-0.32640.047-0.01240.01620.0421-0.0039-0.0444-0.03110.559247.13716.96617.89
34.97620.62570.19373.1753-1.80674.2042-0.05810.54230.3861-0.09810.16480.1544-0.1279-0.1853-0.1067-0.16350.05730.0293-0.1430.0491-0.335513.87511.377-1.515
42.68120.82420.16942.2376-0.87661.82250.0640.050.0598-0.06970.0433-0.06690.10380.0353-0.1074-0.18290.076-0.0512-0.1156-0.0198-0.014948.237-2.89618.465
54.78271.24340.25174.37521.53244.26330.1497-0.0719-0.34840.52840.0118-0.44430.50980.0127-0.1615-0.1136-0.0378-0.0282-0.04910.0051-0.2891-0.2886.67966.61
65.07-0.9139-0.50255.8943-1.30812.48590.07320.3752-0.107-0.24060.04610.3343-0.1249-0.0349-0.1194-0.07590.0119-0.0323-0.1312-0.0281-0.027238.12316.49466.495
76.65430.64372.0623.6777-1.47145.93580.14580.67810.0331-0.2730.0409-0.2571-0.13110.3477-0.1867-0.1842-0.02030.02650.1115-0.0137-0.27936.65914.09649.251
84.19171.0036-0.06576.3709-0.81863.19490.19690.1626-0.87520.1930.01170.37270.2331-0.1345-0.2086-0.15280.0003-0.0797-0.2351-0.03110.208638.94-2.67173.047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2A84 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4B84 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6C84 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7D1 - 75
8X-RAY DIFFRACTION8D84 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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