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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jcb | ||||||
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タイトル | The crystal structure of 5-formyl-tetrahydrofolate cycloligase from Bacillus anthracis (BA4489) | ||||||
要素 | 5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE FAMILY PROTEIN | ||||||
キーワード | LIGASE / FOLATE METABOLISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Meier, C. / Carter, L.G. / Winter, G. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Esnouf, R.M. / Oxford Protein Production Facility (OPPF) / Structural Proteomics in Europe (SPINE) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Structure of 5-Formyltetrahydrofolate Cyclo-Ligase from Bacillus Anthracis (Ba4489). 著者: Meier, C. / Carter, L.G. / Winter, G. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Esnouf, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jcb.cif.gz | 102.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2jcb.ent.gz | 77.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jcb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/2jcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/2jcb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ydmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.67169, -0.74017, -0.03141), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23421.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 株: AMES / プラスミド: GATEWAY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: Q81LX0, UniProt: A0A6L8PZ12*PLUS, 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | M1V IS A CLONING ARTEFACT. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 3.8MM FOLINATE, 3.8MM ATP, 30MM MAGNESIUM CHLORIDE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 100 MM BIS-TRIS (PH 5.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 49797 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1YDM 解像度: 1.6→18.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.254 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.69 Å
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拘束条件 |
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