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- PDB-2jax: Universal Stress Protein Rv2623 from Mycobaterium Tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jax
タイトルUniversal Stress Protein Rv2623 from Mycobaterium Tuberculosis
要素HYPOTHETICAL PROTEIN TB31.7
キーワードPROTEIN BINDING / USP / UNIVERSAL STRESS PROTEIN / ATP BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy entry of symbiont in host / regulation of growth / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Universal stress protein MT2698 / Universal stress protein Rv2623
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Oberschall, A. / Bourenkov, G. / Strizhov, N. / Bartunik, H.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Universal Stress Protein Rv2623 from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Oberschall, A. / Bourenkov, G. / Strizhov, N. / Bartunik, H.D.
履歴
登録2006年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN TB31.7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0525
ポリマ-33,0381
非ポリマー1,0144
00
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN TB31.7
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN TB31.7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,10410
ポリマ-66,0752
非ポリマー2,0298
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.134, 102.134, 158.068
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN TB31.7 / UNIVERSAL STRESS PROTEIN RV2623 / UNIVERSAL STRESS PROTEIN FAMILY


分子量: 33037.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
: H37RV / プラスミド: PET24B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: O06189, UniProt: P9WFD7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 0.2M CACL2 0.1M NAACT PH4.6 20% ISOPROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.9791
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月7日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→20 Å / Num. obs: 8342 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 3.22→3.32 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.22→88.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.878 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.536
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 388 4.7 %RANDOM
Rwork0.268 ---
obs0.27 7953 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→88.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 0 64 0 2008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222067
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.9872825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.71634429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.485258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.9122.68382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76815312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1411521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2890.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2780.22148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1130.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.250.257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.5730.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined1.0670.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3460.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3090.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.761101295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other010531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.601102082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.20620766
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it17.52730743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.22→3.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 35 -
Rwork0.381 568 -
obs--99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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