PDB-2j9l: Cytoplasmic Domain of the Human Chloride Transporter ClC-5 in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j9l

タイトル

Cytoplasmic Domain of the Human Chloride Transporter ClC-5 in complex with ATP

要素

CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

キーワード

ION CHANNEL / CHLORIDE CHANNEL / ION TRANSPORT / VOLTAGE-GATED CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

renal system process / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / chloride transport / monoatomic ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / endocytosis / synaptic vesicle / apical part of cell / early endosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Meyer, S. / Savaresi, S. / Forster, I.C. / Dutzler, R.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Nucleotide Recognition by the Cytoplasmic Domain of the Human Chloride Transporter Clc-5
著者: Meyer, S. / Savaresi, S. / Forster, I.C. / Dutzler, R.

履歴

登録	2006年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j9l.cif.gz	220 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j9l.ent.gz	180.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j9l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2j9l_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j9l_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	2j9l_validation.xml.gz	43.8 KB	表示
CIF形式データ	2j9l_validation.cif.gz	58.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/2j9l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ja3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ja3-d 3p4g-d 3gds-1 3by6-d 6hww-d 4rqy-2 4k3d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

B: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

C: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

D: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

E: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

F: CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5

ヘテロ分子

130 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.328, 148.101, 79.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	B
4	1	D
1	2	C
2	2	A
1	3	E
2	3	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	6	A	A	589 - 647	20 - 78
2	1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	6	C	C	589 - 647	20 - 78
3	1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	6	B	B	589 - 647	20 - 78
4	1	1	ARG	ARG	ALA	ALA	6	D	D	589 - 647	20 - 78
1	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	A	A	677 - 729	108 - 160
2	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	C	C	677 - 729	108 - 160
3	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	B	B	677 - 729	108 - 160
4	2	1	LEU	LEU	LEU	LEU	6	D	D	677 - 729	108 - 160
1	1	2	ARG	ARG	VAL	VAL	1	C	C	648 - 654	79 - 85
2	1	2	ARG	ARG	VAL	VAL	1	A	A	648 - 654	79 - 85
1	1	3	ARG	ARG	VAL	VAL	1	E	E	648 - 654	79 - 85
2	1	3	ARG	ARG	VAL	VAL	1	A	A	648 - 654	79 - 85

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.5686, -0.1561, 0.8077), (-0.165, -0.9402, -0.2979), (0.8059, -0.3027, 0.5089)	9.622, 134.3, 21.07
2	given	(0.6588, -0.5556, -0.5074), (0.2652, -0.4596, 0.8476), (-0.7041, -0.6929, -0.1554)	74.54, 22.24, 131.7
3	given	(-0.5402, -0.1832, 0.8214), (-0.1729, -0.9311, -0.3213), (0.8236, -0.3156, 0.4712)	10.31, 134.8, 23.08
4	given	(-0.7176, 0.5633, 0.4097), (0.5523, 0.1019, 0.8274), (0.4243, 0.82, -0.3842)	-1.612, -16.59, 23.81
5	given	(-0.751, 0.6049, 0.2646), (0.5141, 0.2843, 0.8093), (0.4143, 0.7438, -0.5245)	6.257, -23.71, 37.32

詳細

AUTHOR COMMENTS: THE PREDOMINANT OLIGOMERIC STATE OF THE CLC-5CYTOPLASMIC DOMAIN IN SOLUTION IS A DIMER. CURRENTLY THERE IS NOEXPERIMENTAL EVIDENCE FOR THE CORRECT DIMER ARRANGEMENT. APUTATIVE ARRANGEMENT IS THE PAIR OF CHAINS AB, CD AND EFRELATED BY TWO-FOLD SYMMETRY IN THE ASYMMETRIC UNIT.

#1: タンパク質	CHLORIDE CHANNEL PROTEIN 5 / CHLORIDE TRANSPORTER CLC-5 / CLC-5 分子量: 21076.469 Da / 分子数: 6 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 571-746 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: EPITHELIUM / 器官: KIDNEY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P51795
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化	詳細: 200 MM (NH4)2SO4, 10 MM TRIS HCL (PH 7.4), 18% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9195
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 60291 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 59.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 68.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
TRUNCATE		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 15.572 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.23 / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.261
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD, RESTRAINED
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE THE PREDOMINANT OLIGOMERIC STATE OF THE CLC-5 CYTOPLASMIC DOMAIN IN SOLUTION IS A DIMER. CURRENTLY THERE IS NO EXPERIMENTAL EVIDENCE FOR THE CORRECT DIMER ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.295	3191	5.07 %	RANDOM
R_work	0.263	-	-	-
obs	0.264	63482	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.368 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.037 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.331 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8003	0	196	267	8466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	8333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.887	2.025	11356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.205	5	997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.331	23.467	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.501	15	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.4	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5913
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.3	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.324	0.5	5906
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.5	636
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.3	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.226	0.5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.489	2	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.852	3	8369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.391	2	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.7	3	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	C	57	tight positional	0.4	0.05
2	2	A	57	tight positional	0.4	0.05
3	1	E	57	tight positional	0.1	0.05
3	2	A	57	tight positional	0.1	0.05
1	1	A	890	loose positional	0.52	20
1	2	C	890	loose positional	0.51	20
1	3	B	890	loose positional	0.65	20
1	4	D	890	loose positional	0.51	20
1	1	A	890	loose thermal	2.69	50
1	2	C	890	loose thermal	1.19	50
1	3	B	890	loose thermal	1.69	50
1	4	D	890	loose thermal	1.97	50
2	1	C	57	loose thermal	1.11	50
2	2	A	57	loose thermal	1.11	50
3	1	E	57	loose thermal	6.44	50
3	2	A	57	loose thermal	6.44	50

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.333	207
R_work	0.293	3738

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.9608	1.2794	0.3469	3.3313	4.0667	5.083	-0.0054	-0.225	-0.6932	0.1814	-0.0673	0.3746	0.301	-0.7248	0.0726	0.5535	-0.095	0.1304	0.4177	-0.1059	0.4208	7.8478	59.352	49.5224
2	0.7033	-0.3004	-0.586	0.1283	0.2503	0.4882	0.6591	0.1744	0.4567	0.1717	0.0617	1.9337	0.4192	-1.9459	-0.7209	0.6653	-0.0035	0.0646	0.6679	0.0591	0.7674	2.0157	68.9231	45.6521
3	2.2628	-0.9881	-2.132	2.2402	-0.2792	2.8186	0.2547	0.2831	0.1615	-0.1499	-0.2327	0.5309	-0.5607	-0.5035	-0.0219	0.7244	0.0956	0.1018	0.2761	-0.0393	0.413	13.8383	78.4671	38.4868
4	13.1399	0.3111	1.8417	6.9389	-0.4858	7.4497	-0.0955	-0.9243	0.6792	-0.0205	0.4205	-0.3291	-0.6487	-0.0776	-0.3249	1.0686	0.0789	0.2329	0.2486	-0.1301	0.6338	21.4064	87.5052	44.6572
5	7.4445	0.8281	4.6888	6.646	-2.5452	5.8648	-0.1303	0.3178	1.2267	1.3755	0.0042	-1.4441	-0.685	2.4192	0.1261	0.7771	0.0809	0.145	0.6057	-0.0287	0.7314	20.9732	95.9442	35.0002
6	1.922	0.1618	-1.0371	3.3978	-0.3662	2.0356	0.0609	0.0846	0.2094	-0.4077	0.0907	-0.0183	-0.1715	-0.186	-0.1517	0.5603	-0.0069	0.0896	0.2655	-0.103	0.3749	20.9021	73.4378	38.6824
7	3.1091	-0.5319	1.4472	2.1005	1.041	9.4832	0.0528	-0.1301	0.1354	0.0326	0.0762	0.1178	-0.2255	-0.1668	-0.1291	0.4988	0.0261	0.0548	0.2277	-0.0123	0.3513	14.1617	65.4044	49.2452
8	12.3473	-2.5003	2.6457	11.5285	-9.5905	8.0055	0.2569	-0.4561	-2.3574	0.7167	-0.1571	1.3365	1.4083	-0.0891	-0.0998	0.8498	-0.0242	0.0648	0.8567	0.1027	0.6425	6.3193	57.1456	63.3842
9	0.0403	-0.0941	0.4121	0.2201	-0.9635	4.218	0.177	1.1533	-0.3252	-0.1304	-0.0211	2.205	0.2739	-0.4925	-0.1559	0.9784	-0.0173	0.0132	0.7737	0.0888	0.9113	13.3365	52.495	63.2352
10	8.3722	-3.655	-2.757	2.6149	-1.1161	6.1872	0.2274	0.0662	1.095	0.4542	-0.4431	-0.7383	-0.8656	0.8539	0.2156	0.8077	-0.3035	0.1388	0.3988	-0.0331	0.4928	37.2207	63.8088	36.1335
11	0.0903	-0.307	0.3025	1.0472	-1.0334	1.0205	-0.1692	0.505	0.7597	-0.4798	0.1501	-0.9312	-1.0512	1.445	0.019	0.8026	-0.3046	0.1303	0.6139	-0.0282	0.4881	34.7142	55.151	26.767
12	3.1297	-0.104	-0.2768	3.1769	1.1442	1.9869	0.1132	0.4045	0.0647	-0.4715	-0.2002	0.2123	-0.0266	-0.0961	0.0871	0.6129	-0.0176	0.0131	0.2484	-0.0672	0.3336	20.9027	46.7371	28.6309
13	8.0092	-0.6134	-3.2555	7.6825	0.9878	8.8218	-0.144	-0.1484	-0.418	0.196	-0.2422	0.0518	0.7194	0.3739	0.3863	0.7406	-0.0786	0.0017	0.2226	0.0249	0.3466	20.3696	35.0422	35.3541
14	2.5477	-1.9141	-1.2185	5.1028	2.242	4.529	-0.3161	-0.1278	-1.1814	0.5412	-0.1967	1.3136	1.1233	-0.3505	0.5128	0.7724	-0.1871	-0.0327	0.4579	-0.2719	0.6462	11.2746	35.1587	28.57
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	645 - 657
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	658 - 708
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	709 - 732
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	733 - 738
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	744 - 754
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	578 - 589
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	590 - 602
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	603 - 636
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	637 - 650
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	651 - 670
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	671 - 695
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	696 - 721
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	722 - 736
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	737 - 752
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	578 - 588
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	589 - 595
39	X-RAY DIFFRACTION	39	E	596 - 621
40	X-RAY DIFFRACTION	40	E	622 - 636
41	X-RAY DIFFRACTION	41	E	637 - 647
42	X-RAY DIFFRACTION	42	E	648 - 657
43	X-RAY DIFFRACTION	43	E	658 - 731
44	X-RAY DIFFRACTION	44	E	732 - 737
45	X-RAY DIFFRACTION	45	E	745 - 751
46	X-RAY DIFFRACTION	46	F	578 - 588
47	X-RAY DIFFRACTION	47	F	589 - 600
48	X-RAY DIFFRACTION	48	F	601 - 618
49	X-RAY DIFFRACTION	49	F	619 - 638
50	X-RAY DIFFRACTION	50	F	639 - 675
51	X-RAY DIFFRACTION	51	F	676 - 680
52	X-RAY DIFFRACTION	52	F	681 - 699
53	X-RAY DIFFRACTION	53	F	700 - 724
54	X-RAY DIFFRACTION	54	F	725 - 749

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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