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- PDB-2j7x: STRUCTURE OF ESTRADIOL-BOUND ESTROGEN RECEPTOR BETA LBD IN COMPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j7x
タイトルSTRUCTURE OF ESTRADIOL-BOUND ESTROGEN RECEPTOR BETA LBD IN COMPLEX WITH LXXLL MOTIF FROM NCOA5
要素
  • ESTROGEN RECEPTOR BETA
  • NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 5
キーワードTRANSCRIPTION / ZINC-FINGER / NUCLEAR RECEPTOR / PHOSPHORYLATION / STEROID-BINDING / GLYCOPROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of behavior / cellular response to magnetism / response to bisphenol A / ESR-mediated signaling / PIP3 activates AKT signaling / estrogen binding / response to insecticide / estradiol binding / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / amygdala development ...negative regulation of behavior / cellular response to magnetism / response to bisphenol A / ESR-mediated signaling / PIP3 activates AKT signaling / estrogen binding / response to insecticide / estradiol binding / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / amygdala development / response to human chorionic gonadotropin / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / Sertoli cell proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / prostate gland development / Sertoli cell development / Nuclear Receptor transcription pathway / response to genistein / hormone binding / organic cyclic compound binding / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / steroid hormone binding / response to salt / prostate gland epithelium morphogenesis / peroxisome proliferator activated receptor binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / heterocyclic compound binding / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / negative regulation of feeding behavior / nuclear estrogen receptor activity / female gonad development / response to dexamethasone / androgen receptor signaling pathway / vagina development / response to testosterone / uterus development / cellular response to organic cyclic compound / behavioral fear response / regulation of signal transduction / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / estrous cycle / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ovarian follicle development / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / steroid binding / response to hormone / cerebellum development / response to nutrient levels / epithelial cell proliferation / protein-DNA complex / response to activity / cellular response to estradiol stimulus / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / neuron migration / brain development / response to organic cyclic compound / response to estrogen / vasodilation / male gonad development / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / transcription corepressor activity / actin cytoskeleton / cellular response to xenobiotic stimulus / insulin receptor signaling pathway / response to estradiol / glucose homeostasis / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / perikaryon / response to ethanol / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / learning or memory / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Anticodon-binding domain superfamily / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...: / Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Anticodon-binding domain superfamily / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / ESTRADIOL / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 5
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Hubbard, R.E. / Walton, J. / Bonn, T. / Thorsell, A.-G. / Engstrom, O. / Ljunggren, J. / Gustaffson, J.-A. / Carlquist, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Agonist-Bound Estrogen Receptor Beta Lbd in Complex with Lxxll Motif from Ncoa5
著者: Pike, A.C.W. / Brzozowski, A.M. / Hubbard, R.E. / Walton, J. / Bonn, T. / Thorsell, A.-G. / Engstrom, O. / Ljunggren, J. / Gustaffson, J.-A. / Carlquist, M.
履歴
登録2006年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN RECEPTOR BETA
B: NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3019
ポリマ－30,6232
非ポリマー6787
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint5.8 kcal/mol
Surface area11620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.550, 62.550, 171.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2081-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ESTROGEN RECEPTOR BETA / ER-BETA


分子量: 28686.002 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 255-509 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GI724 / 参照: UniProt: Q62986
#2: タンパク質・ペプチド NUCLEAR RECEPTOR COACTIVATOR 5 / NCOA-5 / COACTIVATOR INDEPENDENT OF AF-2 / CIA / NCOA5


分子量: 1937.204 Da / 分子数: 1 / 断片: LXXLL PEPTIDE, RESIDUES 338-354 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCD5

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非ポリマー , 5種, 105分子

#3: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL / エストラジオ-ル


分子量: 272.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 8
詳細: 5-7% PEG 8K, 5-7% PEG 1K, 0.13M LITHIUM SULPHATE, 0.1M TRIS PH 8.0 .

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.932
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 20776 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QKN

1qkn


解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.751 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1056 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 19670 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å20 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 45 98 1994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221942
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3912.0152619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.69233221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8195235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.80524.78369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15415371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.368158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.21255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2903
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0890.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8941.51260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33221927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0913806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0184.5692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.233 70
Rwork0.17 1423
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18710.08110.1331.4656-0.4212.5218-0.0089-0.0485-0.3011-0.02050.05210.11270.2814-0.2167-0.0432-0.1965-0.0429-0.0071-0.11920.0001-0.188951.392641.1176.5602
229.2416.17771.939250.137311.054213.83310.3471-2.9677-0.94432.6511-0.50810.3921.1126-0.33430.161-0.0948-0.0210.05070.43160.2015-0.030237.63542.3891.6876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A217 - 453
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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