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万見
- PDB-2j5p: E. coli FtsK gamma domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5p
タイトルE. coli FtsK gamma domain
要素DNA TRANSLOCASE FTSK
キーワードRECOMBINATION / FTSK / KOPS / XERCD / DNA SEGREGATION / BACTERIAL CELL DIVISION
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / divisome complex / septum digestion after cytokinesis / DNA translocase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / response to osmotic stress / cellular response to antibiotic / cell division site / response to salt stress ...double-stranded DNA helicase activity / divisome complex / septum digestion after cytokinesis / DNA translocase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / response to osmotic stress / cellular response to antibiotic / cell division site / response to salt stress / chromosome segregation / sequence-specific DNA binding / cell division / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FtsK gamma domain / DNA translocase FtsK, 4TM region / FtsK alpha domain / Ftsk gamma domain / 4TM region of DNA translocase FtsK/SpoIIIE / FtsK alpha domain / Ftsk_gamma / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family ...FtsK gamma domain / DNA translocase FtsK, 4TM region / FtsK alpha domain / Ftsk gamma domain / 4TM region of DNA translocase FtsK/SpoIIIE / FtsK alpha domain / Ftsk_gamma / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA translocase FtsK
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法溶液NMR / CNS
データ登録者Sivanathan, V. / Allen, M.D. / de Bekker, C. / Baker, R. / Arciszewska, L. / Freund, S.M. / Bycroft, M. / Lowe, J. / Sherratt, D.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Ftsk Gamma Domain Directs Oriented DNA Translocation by Interacting with Kops.
著者: Sivanathan, V. / Allen, M.D. / De Bekker, C. / Baker, R. / Arciszewska, L. / Freund, S.M. / Bycroft, M. / Lowe, J. / Sherratt, D.J.
履歴
登録2006年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Other
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6811
ポリマ－8,6811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20NO VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 DNA TRANSLOCASE FTSK / E.COLI FTSK


分子量: 8680.663 Da / 分子数: 1 / 断片: GAMMA DOMAIN, RESIDUES 1261-1329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46889

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態イオン強度: 150 mM / pH: 6.5 / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
ANSIG構造決定
精密化手法: CNS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO VIOLATIONS / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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