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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j4l
タイトルCrystal structure of uridylate kinase from Sulfolobus solfataricus in complex with UTP to 2.8 Angstrom resolution
要素URIDYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / UMP KINASE / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE / PYRIMIDINE NUCLEOTIDE SYNTHESIS / ASPARTOKINASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, archaeal/spirochete, putative / Uridylate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Uridylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jensen, K.S. / Johansson, E. / Jensen, K.F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural and Enzymatic Investigation of the Sulfolobus Solfataricus Uridylate Kinase Shows Competitive Utp Inhibition and the Lack of GTP Stimulation
著者: Jensen, K.S. / Johansson, E. / Jensen, K.F.
履歴
登録2006年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URIDYLATE KINASE
B: URIDYLATE KINASE
C: URIDYLATE KINASE
D: URIDYLATE KINASE
E: URIDYLATE KINASE
F: URIDYLATE KINASE
G: URIDYLATE KINASE
H: URIDYLATE KINASE
I: URIDYLATE KINASE
J: URIDYLATE KINASE
K: URIDYLATE KINASE
L: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)306,18231
ポリマ－300,20212
非ポリマー5,98019
水00
1
A: URIDYLATE KINASE
B: URIDYLATE KINASE
C: URIDYLATE KINASE
D: URIDYLATE KINASE
E: URIDYLATE KINASE
F: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,10316
ポリマ－150,1016
非ポリマー3,00210
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
G: URIDYLATE KINASE
H: URIDYLATE KINASE
I: URIDYLATE KINASE
J: URIDYLATE KINASE
K: URIDYLATE KINASE
L: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,07915
ポリマ－150,1016
非ポリマー2,9789
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)224.750, 79.030, 223.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99684, 0.01015, -0.07877), (-0.02143, -0.98939, 0.1437), (-0.07648, 0.14493, 0.98648)-101.20412, 11.6296, -4.60986
2given(-0.14887, -0.54525, 0.82495), (-0.71678, 0.63421, 0.28983), (-0.68122, -0.54816, -0.48524)14.53205, -10.57962, -154.22807
3given(0.05991, 0.71699, 0.69451), (0.6896, -0.53277, 0.49052), (0.72171, 0.44954, -0.52635)11.83592, 73.76672, -91.76787
4given(0.21366, 0.59138, -0.77757), (0.61948, -0.69747, -0.36024), (-0.75537, -0.40472, -0.51538)-102.58392, 0.57904, -160.74702
5given(-0.1171, -0.75505, -0.64513), (-0.56014, 0.58663, -0.58491), (0.82008, 0.29286, -0.49163)-105.56078, -75.6161, -84.30929
6given(-0.80433, -0.58727, 0.09038), (-0.58845, 0.7662, -0.2582), (0.08238, -0.26086, -0.96185)-23.71639, -25.85692, -111.89214
7given(0.78188, 0.62063, 0.05907), (0.62217, -0.78281, -0.01068), (0.03961, 0.04511, -0.9982)48.19455, 53.82608, -117.28518
8given(0.5118, 0.02416, -0.85877), (-0.33262, 0.92721, -0.17215), (0.7921, 0.37375, 0.48258)-40.44608, -6.42438, 41.02373
9given(-0.42444, -0.20793, -0.88126), (0.35076, -0.93504, 0.05168), (-0.83476, -0.28717, 0.4698)-86.07069, 46.16991, -37.13826
10given(-0.59448, -0.0787, 0.80025), (0.51198, -0.80445, 0.30123), (0.62005, 0.58879, 0.51852)44.25107, 74.61203, 35.58593
11given(0.5015, 0.24923, 0.82848), (-0.52076, 0.85166, 0.05903), (-0.69087, -0.46104, 0.55689)98.35564, 3.6361, -22.70943

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要素

#1: タンパク質
URIDYLATE KINASE / UK / URIDINE MONOPHOSPHATE KINASE / UMP KINASE


分子量: 25016.873 Da / 分子数: 12 / 断片: RESIDUES 2-227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZE2, UMP kinase
#2: 化合物
ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 484.141 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
配列の詳細THE CRYSTALLIZED ENZYME WAS PREPARED WITH ONLY ONE MET RESIDUE IN THE N-TERMINAL, IN CONTRAST TO ...THE CRYSTALLIZED ENZYME WAS PREPARED WITH ONLY ONE MET RESIDUE IN THE N-TERMINAL, IN CONTRAST TO THE DATABASE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PROTEIN SOLUTION (2UL) IN 10 MM TRIS/CL PH 7.6 WITH 4.6 MG/ML SSUMPK, 2 MM UTP, 5 MM MGCL2 MIXED WITH 2UL MOTHER SOLUTION. MOTHER SOLUTION: 1.8 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.8. ...詳細: PROTEIN SOLUTION (2UL) IN 10 MM TRIS/CL PH 7.6 WITH 4.6 MG/ML SSUMPK, 2 MM UTP, 5 MM MGCL2 MIXED WITH 2UL MOTHER SOLUTION. MOTHER SOLUTION: 1.8 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.8. HANGIGN DROP VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.009
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月30日 / 詳細: MULTILAYER MIRRORS
放射モノクロメーター: BENT GERMANIUM CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40.52 Å / Num. obs: 92163 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 56.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: URIDYLATE KINASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS IN COMPLEX WITH UMP AND AMPPCP - HEXAMER - WITHOUT LIGANDS

解像度: 2.8→29.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1895858.21 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 4593 5 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 91357 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.7833 Å2 / ksol: 0.307533 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.74 Å20 Å20.6 Å2
2--28.4 Å20 Å2
3----16.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å65 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19258 0 355 0 19613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 671 4.9 %
Rwork0.389 13164 -
obs--86.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMPROTEIN_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4UDPUTP_PAR.TXTUDPUTP_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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