PDB-2j4b: Crystal structure of Encephalitozoon cuniculi TAF5 N-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j4b

タイトル

Crystal structure of Encephalitozoon cuniculi TAF5 N-terminal domain

要素

TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

キーワード

TRANSCRIPTION / TAF5 / TFIID / WD REPEAT / INITIATION / INITIATION FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter
類似検索 - 分子機能

生物種

ENCEPHALITOZOON CUNICULI (ウサギエンケファリトゾーン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Romier, C. / James, N. / Birck, C. / Cavarelli, J. / Vivares, C. / Collart, M.A. / Moras, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure, Biochemical and Genetic Characterization of Yeast and E. Cuniculi Taf(II)5 N-Terminal Domain: Implications for TFIID Assembly.
著者: Romier, C. / James, N. / Birck, C. / Cavarelli, J. / Vivares, C. / Collart, M.A. / Moras, D.

履歴

登録	2006年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j4b.cif.gz	151.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j4b.ent.gz	123.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j4b_validation.pdf.gz	465 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j4b_full_validation.pdf.gz	480.2 KB	表示
XML形式データ	2j4b_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	2j4b_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/2j4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j49C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2oob-d 5f2u-2 5e8f-1 5ml2-d 1k5w-d 1xcv-d 6c4u-6 2gtv-d 4jvf-d 3a57-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

B: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

C: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

D: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

E: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

83.5 kDa, 5 ポリマー
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1

A: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.520, 91.520, 297.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID SUBUNIT 72/90-100 KDA / TAF5 分子量: 16705.953 Da / 分子数: 5 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 16-149 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ENCEPHALITOZOON CUNICULI (ウサギエンケファリトゾーン) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SQS4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE FIRST 4 RESIDUES IN EACH CHAIN REPRESENT THE THROMBIN CUTTING SITE (GS) AND THE NDEL CLONING ...THE FIRST 4 RESIDUES IN EACH CHAIN REPRESENT THE THROMBIN CUTTING SITE (GS) AND THE NDEL CLONING SITE (HM) AND ARE NOT PART OF THE FULL PROTEIN. THESE RESIDUES ARE MAPPED TO THE PDB ENTRY.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS/HCL PH 8.0 0.2 M MGCL2 2.0 M NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→35 Å / Num. obs: 26377 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 45
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→28.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 28.534 / SU ML: 0.352 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	2588	9.9 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.218	23677	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5658	0	0	295	5953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.046	1.945	7838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.719	3	9537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.687	5	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.458	24.8	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.342	15	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.481	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	832
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.3	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.3	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.201	0.5	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.5	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.284	0.5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.231	0.3	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.257	0.3	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.247	0.5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.039	2	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.214	3	5311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.663	2	3050
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.953	3	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.412	177
R_work	0.271	1688

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7763	-1.5392	-1.4674	3.4097	1.4296	2.1989	-0.2244	-0.4205	0.1014	0.1343	0.165	-0.0318	0.207	0.1426	0.0594	-0.189	0.0128	0.0017	-0.0806	-0.0046	-0.2448	34.947	49.082	149.739
2	1.6754	1.52	-1.1299	5.1444	-2.2957	3.3372	-0.1169	-0.0887	-0.08	0.1541	0.0851	-0.1368	-0.0729	-0.0128	0.0318	-0.1906	0.035	-0.0518	-0.1981	0.0045	-0.1824	25.648	12.498	129.39
3	8.0759	-2.9156	-2.7031	2.6334	-0.1271	1.6744	0.365	0.7038	-0.137	-0.391	-0.5452	0.1315	0.0139	-0.231	0.1802	-0.1601	0.0762	-0.0143	-0.1135	-0.2007	-0.2028	17.559	59.615	126.951
4	2.742	-1.1839	-0.3148	4.3594	1.8758	1.9202	-0.0107	0.1539	0.2106	-0.3623	-0.1949	0.029	-0.1256	-0.0791	0.2056	-0.1681	0.0223	-0.0564	-0.1663	-0.0204	-0.204	56.176	10.817	137.567
5	5.3774	0.4398	-2.2865	1.8008	-0.8055	3.5683	0.0449	0.0346	-0.05	-0.0387	-0.193	0.0354	0.0497	0.0024	0.148	-0.1899	0.0227	-0.0351	-0.1909	-0.0176	-0.2191	64.801	60.844	139.689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	16 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	18 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	18 - 147

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