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- PDB-2j0s: The crystal structure of the Exon Junction Complex at 2.2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j0s
タイトルThe crystal structure of the Exon Junction Complex at 2.2 A resolution
要素
  • 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP *UP*UP*UP*UP*U)-3'
  • ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
  • PROTEIN CASC3
  • PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
  • RNA-BINDING PROTEIN 8A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / MRNA PROCESSING (転写後修飾) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / RRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / MRNA TRANSPORT / NUCLEAR PROTEIN / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY (ナンセンス変異依存mRNA分解機構) / DEAD-BOX HELICASE / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP-BINDING / DNA-BINDING / RNA-BINDING / COILED COIL (コイルドコイル) / EJC / HELICASE (ヘリカーゼ) / TRANSPORT / ACETYLATION (アセチル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / exon-exon junction complex / selenocysteine insertion sequence binding / intracellular mRNA localization / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors ...exon-exon junction subcomplex mago-y14 / negative regulation of selenocysteine incorporation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to selenite ion / exon-exon junction complex / selenocysteine insertion sequence binding / intracellular mRNA localization / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / regulation of mRNA processing / Deadenylation of mRNA / poly(A) binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / mRNA 3'-end processing / U2-type catalytic step 1 spliceosome / embryonic cranial skeleton morphogenesis / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / exploration behavior / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / 学習 / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / RNA stem-loop binding / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of translation / response to organic cyclic compound / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / regulation of translation / postsynapse / 核膜 / RNA helicase activity / negative regulation of translation / ヘリカーゼ / nuclear speck / mRNA binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / 樹状突起 / 核小体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mago nashi protein / Mago nashi / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / Btz domain / Mago nashi protein / RNA-binding motif protein 8 / RBM8, RNA recognition motif / Mago nashi superfamily / Mago nashi protein ...Mago nashi protein / Mago nashi / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / CASC3/Barentsz eIF4AIII binding / Btz domain / Mago nashi protein / RNA-binding motif protein 8 / RBM8, RNA recognition motif / Mago nashi superfamily / Mago nashi protein / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Helicase conserved C-terminal domain / RNA-binding domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / リボ核酸 / RNA (> 10) / Protein CASC3 / Eukaryotic initiation factor 4A-III / Protein mago nashi homolog / RNA-binding protein 8A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Bono, F. / Ebert, J. / Lorentzen, E. / Conti, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of the Exon Junction Complex Reveals How It Mantains a Stable Grip on Mrna
著者: Bono, F. / Ebert, J. / Lorentzen, E. / Conti, E.
履歴
登録2006年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48
C: PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG
D: RNA-BINDING PROTEIN 8A
E: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP *UP*UP*UP*UP*U)-3'
T: PROTEIN CASC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9977
ポリマ－96,4675
非ポリマー5312
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)169.440, 169.440, 71.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ACDT

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX48 / EIF4AIII RNA-HELICASE / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / NUCLEAR ...EIF4AIII RNA-HELICASE / DEAD BOX PROTEIN 48 / EUKARYOTIC INITIATION FACTOR 4A-LIKE NUK-34 / NUCLEAR MATRIX PROTEIN 265 / HNMP 265 / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4A ISOFORM 3


分子量: 46799.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38919
#2: タンパク質 PROTEIN MAGO NASHI HOMOLOG


分子量: 17189.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61326
#3: タンパク質 RNA-BINDING PROTEIN 8A / RNA-BINDING MOTIF PROTEIN 8A / RIBONUCLEOPROTEIN RBM8A / RNA-BINDING PROTEIN Y14 / BINDER OF OVCA1-1 / BOV-1


分子量: 10216.358 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 66-154 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5S9
#5: タンパク質 PROTEIN CASC3 / BARENTSZ / CANCER SUSCEPTIBILITY CANDIDATE GENE 3 PROTEIN / METASTATIC LYMPH NODE PROTEIN 51 / BTZ ...BARENTSZ / CANCER SUSCEPTIBILITY CANDIDATE GENE 3 PROTEIN / METASTATIC LYMPH NODE PROTEIN 51 / BTZ / MLN 51 PROTEIN / BARENTSZ PROTEIN


分子量: 17713.482 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 137-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15234

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RNA鎖 , 1種, 1分子 E

#4: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP *UP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 4547.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 346分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化詳細: 8% PEG 6000, 100 MM MGCL2, 100 MM MES PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 58631 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FUU, 1FUK, 1P27

1fuu

1fuk

1p27


解像度: 2.21→43.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 9.503 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2932 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 55698 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å2-0.16 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→43.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5359 121 32 344 5856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9917738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.843311882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4565683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3123.978279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.90215985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7941544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021155
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.25408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.22688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2250.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1110.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.270.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8061.53634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1511.51373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14825413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74632585
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7244.52314
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 210 -
Rwork0.301 3982 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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