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- PDB-2j0e: Three dimensional structure and catalytic mechanism of 6- phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j0e
タイトルThree dimensional structure and catalytic mechanism of 6- phosphogluconolactonase from Trypanosoma brucei
要素6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE
キーワードHYDROLASE / CATALYTIC MECHANISM / PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY / 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE / TRYPANOSOMA BRUCEI / ZINC BINDING SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase activity / glycosome / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
6-Phosphogluconolactonase / 6-phosphogluconolactonase, DevB-type / Glucosamine/galactosamine-6-phosphate isomerase / Glucosamine-6-phosphate isomerases/6-phosphogluconolactonase / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / 6-phosphogluconolactonase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Delarue, M. / Duclert-Savatier, N. / Miclet, E. / Haouz, A. / Giganti, D. / Ouazzani, J. / Lopez, P. / Nilges, M. / Stoven, V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Three Dimensional Structure and Implications for the Catalytic Mechanism of 6-Phosphogluconolactonase from Trypanosoma Brucei.
著者: Delarue, M. / Duclert-Savatier, N. / Miclet, E. / Haouz, A. / Giganti, D. / Ouazzani, J. / Lopez, P. / Nilges, M. / Stoven, V.
履歴
登録2006年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE
B: 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3329
ポリマ－57,3602
非ポリマー9727
水8,305461
1
A: 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1464
ポリマ－28,6801
非ポリマー4673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1865
ポリマ－28,6801
非ポリマー5064
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.310, 80.850, 90.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9994, -0.0079, -0.0347), (0.0108, 0.9964, 0.0842), (0.0339, -0.0845, 0.9958)
ベクター: -0.3937, 14.3518, -46.0985)

-
要素

#1: タンパク質 6-PHOSPHOGLUCONOLACTONASE


分子量: 28679.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ONE BOUND ZINC ATOM PER MONOMER.
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)
プラスミド: PET21 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9GRG6, 6-phosphogluconolactonase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
解説: ANOTHER DATASET WITH SELENOMETHIONYLATED PROTEIN WAS COLLECTED AT 2.8 ANGSTROM AND WAS USED TO CHECK THE POSITION OF METHIONINES.
結晶化pH: 7.5
詳細: 30% PEG MME, 50MM NA ACETATE, HEPES PH 7.5 100 MM. PROTEIN 10MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.008014
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008014 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 57076 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.84 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.92
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.86 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→18 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED ON THE CRYSTAL SOAKED WITH A MERCURY DERIVATIVE (2 HG ATOMS PER MONOMER)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1539 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 30438 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.7024 Å2 / ksol: 0.334866 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.997 Å20 Å20 Å2
2--2.535 Å20 Å2
3----1.538 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3940 0 7 461 4408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.182.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 240 5 %
Rwork0.225 4603 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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