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- PDB-2izo: Structure of an Archaeal PCNA1-PCNA2-FEN1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2izo
タイトルStructure of an Archaeal PCNA1-PCNA2-FEN1 Complex
要素
  • (DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP ...) x 2
  • FLAP STRUCTURE-SPECIFIC ENDONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / DNA REPAIR / DNA-BINDING / ENDONUCLEASE / METAL-BINDING / EXCISION REPAIR / DNA REPLICATION / PCNA / FEN1 / NUCLEASE / MAGNESIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-flap endonuclease activity / DNA replication, removal of RNA primer / 5'-3' exonuclease activity / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region ...Flap structure-specific endonuclease, archaea / Flap endonuclease 1 / XPG conserved site / XPG protein signature 1. / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / PIN-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp 1 / DNA polymerase sliding clamp 2 / Flap endonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Dore, A.S. / Kilkenny, M.L. / Roe, S.M. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Structure of an Archaeal PCNA1-PCNA2-Fen1 Complex: Elucidating PCNA Subunit and Client Enzyme Specificity.
著者: Dore, A.S. / Kilkenny, M.L. / Jones, S.A. / Oliver, A.W. / Roe, S.M. / Bell, S.D. / Pearl, L.H.
履歴
登録2006年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAP STRUCTURE-SPECIFIC ENDONUCLEASE
B: DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP C
C: DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,83811
ポリマ－94,4793
非ポリマー3598
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.986, 99.774, 99.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FLAP STRUCTURE-SPECIFIC ENDONUCLEASE / FEN1


分子量: 39358.312 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 5-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET33B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q980U8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP C / PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN HOMOLOG C / PCNA C / PCNA2


分子量: 27551.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97Z84
#3: タンパク質 DNA POLYMERASE SLIDING CLAMP B / PROLIFERATING CELL NUCLEAR ANTIGEN HOMOLOG B / PCNA B / PCNA1


分子量: 27569.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P57766

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非ポリマー , 3種, 86分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CHAIN A: ENDONUCLEASE THAT CLEAVES THE 5' OVERHANGING FLAP STRUCTURE THAT IS GENERATED BY ...CHAIN A: ENDONUCLEASE THAT CLEAVES THE 5' OVERHANGING FLAP STRUCTURE THAT IS GENERATED BY DISPLACEMENT SYNTHESIS WHEN DNA POLYMERASE ENCOUNTERS THE 5' END OF A DOWNSTREAM OKAZAKI FRAGMENT. CHAIN B: SLIDING CLAMP SUBUNIT. CHAIN C: SLIDING CLAMP SUBUNIT. RESPONSIBLE FOR TETHERING THE CATALYTIC SUBUNIT OF DNA POLYMERASE TO DNA DURING HIGH-SPEED REPLICATION.
配列の詳細FIRST FOUR RESIDUES REMOVED FOR CONSTRUCT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PRIOR TO CRYSTALLISATION THE PCNA1-PCNA2-PCNA3 COMPLEX WAS MIXED WITH FEN1 AT AN EQUIMOLAR RATIO AND INCUBATED FOR 20 MIN AT 294 K. PCNA1-PCNA2-FEN1 CO-CRYSTALS WERE GROWN BY THE VAPOUR ...詳細: PRIOR TO CRYSTALLISATION THE PCNA1-PCNA2-PCNA3 COMPLEX WAS MIXED WITH FEN1 AT AN EQUIMOLAR RATIO AND INCUBATED FOR 20 MIN AT 294 K. PCNA1-PCNA2-FEN1 CO-CRYSTALS WERE GROWN BY THE VAPOUR DIFFUSION METHOD IN HANGING DROPS. PCNA3 WAS NOT PRESENT IN THE CRYSTAL LATTICE. DROPS WERE PREPARED BY MIXING 100 MM PROTEIN COMPLEX IN 20 MM TRIS-HCL PH 8.0, 200 MM NACL, 5 MM MGCL2, 2 MM DTT BUFFER SOLUTION WITH EQUAL VOLUMES OF 0.1M ACETATE PH 4.8, 8% PEG 8,000, 220 MM ZNOAC2 AND 30 MM GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→60 Å / Num. obs: 23534 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 71.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1B43 FOR FEN1 AND 1VYJ FOR PCNA1 AND PCNA2

1b43

1vyj


解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 40.663 / SU ML: 0.388 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.497 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 1088 5.1 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.253 20108 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20 Å20 Å2
2---4.11 Å20 Å2
3---3.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5725 0 8 78 5811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.9777880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.275746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93824.502231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2615979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1991530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3870.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1851.53849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.31926021
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.43632186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7464.51859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.398 88
Rwork0.358 1466
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7649-0.2350.0366.8948-0.25021.573-0.1935-0.21130.41790.95040.2129-1.2028-0.07670.3103-0.01940.00730.0564-0.2056-0.0268-0.1250.1457-15.4857-25.919611.5355
28.32260.62630.75183.39660.3641.09650.0881-0.5293-0.120.4171-0.04850.1844-0.292-0.0847-0.0396-0.1087-0.0346-0.0304-0.23530.0388-0.351810.687716.5624.494
37.5687-2.0781-0.82318.7906-0.16443.57450.03750.0411-0.2311-0.49670.0343-1.5886-0.16860.5661-0.0719-0.0993-0.10790.0238-0.13470.0020.053534.259910.9693-3.8089
40.4053-0.3208-1.55653.48732.072511.7220.02840.2344-0.3491-0.17320.0533-0.15851.00830.428-0.0817-0.00170.0428-0.0746-0.042-0.1547-0.0915-15.9978-10.4636-29.726
54.73111.3318-0.65665.28911.31683.4983-0.04870.078-0.1876-0.0782-0.03650.1030.0198-0.02270.0852-0.28130.0102-0.0427-0.2771-0.0174-0.2473-15.12966.8294-9.2417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 346
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3B123 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 122
5X-RAY DIFFRACTION5C123 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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