PDB-2iz6: Structure of the Chlamydomonas rheinhardtii Moco Carrier Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iz6

タイトル

Structure of the Chlamydomonas rheinhardtii Moco Carrier Protein

要素

MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN

キーワード

METAL TRANSPORT / MOLYBDENUM COFACTOR

機能・相同性

SLOG cluster4 / SLOG cluster4 family / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Molybdenum cofactor carrier protein

機能・相同性情報

生物種

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Fischer, K. / Llamas, A. / Tejada-Jimenez, M. / Schrader, N. / Kuper, J. / Mendel, R.R. / Fernandez, E. / Schwarz, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Function and Structure of the Molybdenum Cofactor Carrier Protein from Chlamydomonas Reinhardtii.
著者: Fischer, K. / Llamas, A. / Tejada-Jimenez, M. / Schrader, N. / Kuper, J. / Ataya, F.S. / Galvan, A. / Mendel, R.R. / Fernandez, E. / Schwarz, G.

履歴

登録	2006年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iz6.cif.gz	72.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iz6.ent.gz	54.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2iz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/2iz6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iz5SC 2iz7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hcw-d 2iz7-1 3rba-2 2iks-d 2iz5-d 4y2l-2 5o06-d 4cbm-3 5o0h-d 3dbi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN

B: MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN

35.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN

B: MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN

A: MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN

B: MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.079, 126.009, 75.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2081- HOH
2	1	B-2069- HOH

#1: タンパク質	MOLYBDENUM COFACTOR CARRIER PROTEIN 分子量: 17888.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) プラスミド: PQE80-CRMCP1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP1000 / 参照: UniProt: Q8RV61
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	pH: 8 / 詳細: pH 8.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.005
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 38713 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.2
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 55.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IZ5

2iz5

解像度: 1.6→75.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.71 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED RESIDUES A1-A2,A71-A75,A167-A173, B1-B3,B70-B76,B167-B173. DISORDERED REGIONS ARE PARTIALLY TRACED WITH ALANINES.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	2080	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	39120	95.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→75.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2204	0	0	245	2449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.982	1.987	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.927	3	5187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.86	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.828	26.19	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.089	15	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.511	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	369
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	2212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.244	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.218	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.717	1.5	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.959	2	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.343	3	751
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.702	4.5	586
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.274	141
R_work	0.247	2977

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6955	-0.1968	-0.9255	1.7954	0.1223	1.8371	0.0111	-0.1187	0.0216	0.1421	0.0518	-0.1909	0.0728	0.0249	-0.0629	0.0201	-0.0232	0.0021	-0.0767	-0.0065	-0.0431	22.548	16.385	27.39
2	0.6425	-0.2316	-0.3689	2.274	-0.1733	0.3901	0.0577	0.0687	0.074	-0.027	0.006	-0.0258	-0.0056	-0.1032	-0.0638	-0.012	-0.0079	0.0101	-0.0635	0.0161	-0.0508	17.879	24.6	20.522
3	0.9539	0.3593	-0.1086	3.8899	0.289	1.4772	-0.0588	0.0963	0.1071	-0.09	0.0887	0.0635	-0.1537	-0.02	-0.0299	0.0174	0.0216	-0.032	-0.0817	0.0097	-0.055	20.072	54.743	14.557
4	1.6063	0.8302	0.0749	2.4369	-0.39	0.4715	0.0205	-0.087	-0.0384	0.2403	-0.0263	0.0499	-0.0929	-0.0701	0.0057	0.0085	0.0299	0.0062	-0.076	0.0109	-0.0719	17.972	46.538	22.987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	4 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	77 - 166

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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