PDB-2ivw: The solution structure of a domain from the Neisseria meningitidi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ivw

タイトル

The solution structure of a domain from the Neisseria meningitidis PilP pilot protein.

要素

PILP PILOT PROTEIN

キーワード

LIPOPROTEIN / PILUS BIOGENESIS / NEISSERIA MENINGITIDIS / SECRETIN / PILOT PROTEIN

機能・相同性

SH3 type barrels. - #830 / Type IV pilus inner membrane component PilP / Pilus assembly protein, PilP / SH3 type barrels. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Mainly Beta / PilP protein

機能・相同性情報

生物種

NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)

手法

溶液NMR / CYANA2.1

データ登録者

Golovanov, A.P. / Balasingham, S. / Tzitzilonis, C. / Goult, B.T. / Lian, L.-Y. / Homberset, H. / Tonjum, T. / Derrick, J.P.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2006
タイトル: The solution structure of a domain from the Neisseria meningitidis lipoprotein PilP reveals a new beta-sandwich fold.
著者: Golovanov, A.P. / Balasingham, S. / Tzitzilonis, C. / Goult, B.T. / Lian, L.Y. / Homberset, H. / Tonjum, T. / Derrick, J.P.

履歴

登録	2006年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ivw.cif.gz	674.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ivw.ent.gz	568.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ivw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ivw_validation.pdf.gz	347.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ivw_full_validation.pdf.gz	489.7 KB	表示
XML形式データ	2ivw_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	2ivw_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2ivw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/2ivw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3d2w-1 1xr0-d 2cuh-d 5gun-d 3nbi-d 6tip-d 5j9s-d 2dib-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 7209

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#211 - 2017年7月
線毛機械 (Pilus Machine)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PILP PILOT PROTEIN

12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	PILP PILOT PROTEIN 分子量: 12474.708 Da / 分子数: 1 / 断片: FOLDED DOMAIN, RESIDUES 69-181 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌) 株: Z2491 / プラスミド: PET101/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7DD77

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N-EDITED NOESY-HSQC
1	2	1	13C- EDITED NOESY-HSQC
1	3	1	HOMONUCLEAR 2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 3D AND HOMONUCLEAR 2D NMR SPECTROSCOPY ON (13C,15N), (15N)- LABELED AND UNLABELLED PILP.

-
試料調製

詳細	内容: 95% WATER/5% D2O, 20MM PHOSPHATE BUFFER, 1MM EDTA
試料状態	イオン強度: 20 mM / pH: 6.1 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	P.GUNTERT ET AL.	精密化
CYANA		構造決定

精密化

手法: CYANA2.1 / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE STRUCTURE OF PILP FRAGMENT 69-181 IS PRESENTED. THE LONGER PROTEIN CONSTRUCT (RESIDUES 20-181) HAS BEEN STUDIED BY NMR WHICH ...

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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