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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iu9 | ||||||
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タイトル | Chlamydia trachomatis LpxD with 100mM UDPGlcNAc (Complex II) | ||||||
![]() | UDP-3-O-[3-HYDROXYMYRISTOYL] GLUCOSAMINE N-ACYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / UDP-3- O-ACYL-GLUCOSAMINE N-ACYLTRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / LIPID A BIOSYNTHESIS / LEFT-HANDED BETA HELIX / COMPLEX WITH UDPGLCNAC / ENZYME / HOMOTRIMER / LIPID SYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Buetow, L. / Smith, T.K. / Dawson, A. / Fyffe, S. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Reactivity of Lpxd, the N-Acyltransferase of Lipid a Biosynthesis 著者: Buetow, L. / Smith, T.K. / Dawson, A. / Fyffe, S. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 40629.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() Variant: SEROVAR B / プラスミド: PET 15B (NOVAGEN) / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O84245, UniProt: P0CD76*PLUS, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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-非ポリマー , 5種, 111分子 ![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/UD1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/UD1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-BME / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN INCUBATED WITH 100MM UDPGLCNAC AND CRYSTALLIZED FROM 1.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M MES, PH 6.5, 2% DIOXANE, 1MM TCEP, AND 2MM UDPGLCNAC. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月25日 / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→28.5 Å / Num. obs: 26254 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.19 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2IU8 解像度: 3.1→28.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 46.63 / SU ML: 0.407 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.513 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→28.5 Å
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拘束条件 |
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