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- PDB-2itg: CATALYTIC DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE: ORDERED ACTIVE SITE IN THE F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2itg
タイトルCATALYTIC DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE: ORDERED ACTIVE SITE IN THE F185H CONSTRUCT
要素HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE
キーワードDNA INTEGRATION / AIDS / POLYPROTEIN / HYDROLASE / ENDONUCLEASE / POLYNUCLEOTIDYL TRANSFERASE / DNA BINDING (VIRAL)
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / host multivesicular body / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bujacz, G. / Alexandratos, J. / Wlodawer, A. / Zhou-Liu, Q. / Clement-Mella, C.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: The catalytic domain of human immunodeficiency virus integrase: ordered active site in the F185H mutant.
著者: Bujacz, G. / Alexandratos, J. / Qing, Z.L. / Clement-Mella, C. / Wlodawer, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: High-Resolution Structure of the Catalytic Domain of Avian Sarcoma Virus Integrase
著者: Bujacz, G. / Jaskolski, M. / Alexandratos, J. / Wlodawer, A. / Merkel, G. / Katz, R.A. / Skalka, A.M.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of HIV-1 Integrase: Similarity to Other Polynucleotidyl Transferases
著者: Dyda, F. / Hickman, A.B. / Jenkins, T.M. / Engelman, A. / Craigie, R. / Davies, D.R.
履歴
登録1996年9月13日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9211
ポリマ－17,9211
非ポリマー00
水1,04558
1
A: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE

A: HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8432
ポリマ－35,8432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.400, 72.400, 65.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 INTEGRASE


分子量: 17921.447 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN 50 - 212 / 変異: F185H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus
解説: EXPRESSION CLONE FOR CORE, REFER TO PNAS USA, VOL. 90, PP3428-3432, APRIL 1993, AND PNAS USA, VOL. 92, PP.6057-6061, JUNE 1995
細胞株: BL21 / プラスミド: PET-15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P12497
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 3-9% PEG 8000, 0.4M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5-4 mg/mlprotein1drop
20.05 Msodium cacodylate1drop
30.2 Mammonium sulfate1drop
41.5-4.5 %PEG80001drop
50.1 Msodium cacodylate1reservoir
60.4 Mammonium sulfate1reservoir
73-9 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月5日 / 詳細: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→10 Å / Num. obs: 5012 / % possible obs: 79.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 8.63
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 1.38 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 54.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 14682
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 54.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ITG

1itg


解像度: 2.6→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2 --
all-14682 -
obs-4400 79.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1233 0 0 58 1291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0390.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0971.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.0032
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.1232
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.9513
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.025
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1350.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2630.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3560.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.3010.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.23.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.410
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor28.410
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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