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- PDB-2iso: Ternary complex of DNA Polymerase beta with a dideoxy terminated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iso
タイトルTernary complex of DNA Polymerase beta with a dideoxy terminated primer and 2'-deoxyguanosine 5'-beta, gamma-difluoromethylene triphosphate
要素
  • 5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*(DOC))-3'
  • 5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3'
  • Polymerase (DNA directed), beta
キーワードTRANSFERASE/DNA / nucleotidyl transferase / polymerase (ポリメラーゼ) / leaving-group / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / response to gamma radiation / 塩基除去修復 / spindle microtubule / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / 微小管 / in utero embryonic development / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / 炎症 / DNA修復 / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GFF / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase beta / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sucato, C.A. / Upton, T.G. / Kashemirov, B.A. / Martinek, V. / Xiang, Y. / Beard, W.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Modifying the beta,gamma Leaving-Group Bridging Oxygen Alters Nucleotide Incorporation Efficiency, Fidelity, and the Catalytic Mechanism of DNA Polymerase beta.
著者: Sucato, C.A. / Upton, T.G. / Kashemirov, B.A. / Batra, V.K. / Martinek, V. / Xiang, Y. / Beard, W.A. / Pedersen, L.C. / Wilson, S.H. / McKenna, C.E. / Florian, J. / Warshel, A. / Goodman, M.F.
履歴
登録2006年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: 5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3'
P: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*(DOC))-3'
D: 5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3'
A: Polymerase (DNA directed), beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,42813
ポリマ－47,6524
非ポリマー7769
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.700, 80.500, 55.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 TPD

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3'


分子量: 4829.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*(DOC))-3'


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3'


分子量: 1536.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 Polymerase (DNA directed), beta / E.C.2.7.7.7


分子量: 38241.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3KP48, UniProt: P06746*PLUS, DNAポリメラーゼ

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非ポリマー , 5種, 376分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-GFF / 2'-DEOXY-5'-O-[({[DIFLUORO(PHOSPHONO)METHYL](HYDROXY)PHOSPHORYL}OXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]GUANOSINE


分子量: 541.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16F2N5O12P3 / コメント: dGTP analogue*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Imidazole, pH 7.5, 350 mM Sodium Acetate, 16% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Imidazoleイミダゾール11
2Sodium Acetate11
3PEG335011
4H2O11
5Imidazoleイミダゾール12
6Sodium Acetate12
7PEG335012
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月12日 / 詳細: Viramax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 24642 / Num. obs: 22858 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 24642 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2FMP

2fmp


解像度: 2.1→22.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 194983.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2281 10 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.207 24642 --
obs0.201 22858 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.9346 Å2 / ksol: 0.325461 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å23.69 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----1.38 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→22.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 628 41 367 3661
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 373 10.1 %
Rwork0.261 3324 -
obs-2453 89.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1GF2.paramgf2.top
X-RAY DIFFRACTION2protein.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION4water.top
X-RAY DIFFRACTION5dNTP.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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