PDB-2irx: Crystal Structure of the Polymerase Domain from Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2irx

タイトル

Crystal Structure of the Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D with GTP and Manganese.

要素

DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

キーワード

TRANSFERASE / POLYMERASE / PRIMASE / LIGASE / NHEJ / GTP

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / : / ribonucleotide binding / DNA ligase activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA replication, synthesis of primer / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Brissett, N.C. / Pitcher, R.S. / Doherty, A.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and function of a mycobacterial NHEJ DNA repair polymerase.
著者: Pitcher, R.S. / Brissett, N.C. / Picher, A.J. / Andrade, P. / Juarez, R. / Thompson, D. / Fox, G.C. / Blanco, L. / Doherty, A.J.

履歴

登録	2006年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2irx.cif.gz	77.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2irx.ent.gz	57.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2irx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2irx_validation.pdf.gz	754.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2irx_full_validation.pdf.gz	757.4 KB	表示
XML形式データ	2irx_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	2irx_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/2irx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/2irx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iruC 2iryC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4csj-d 2iru-2 2iry-2 5fpw-3 3gn8-1 7ci4-1 5g5w-d 6el6-d 1i4p-d 7cie-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

ヘテロ分子

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.557, 75.532, 89.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965 分子量: 32825.148 Da / 分子数: 1 / 断片: LigD Polymerase Domain (residues 1-300) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv0938 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P71571, UniProt: P9WNV3*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.84 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Na Hepes, 0.01M MnCl2, 10%(v/v) iso-propanol, 20% PEG 4000, 0.01M GTP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月10日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→34.79 Å / Num. obs: 27079 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 21.30639 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3490 / R_sym value: 0.478 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→34.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.321 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20943	1360	5 %	RANDOM
R_work	0.16418	-	-	-
obs	0.16646	25666	98.4 %	-
all	-	27026	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.446 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2164	0	33	327	2524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.984	3078
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.435	22.556	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.203	15	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.39	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.795	1.5	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.216	2	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.996	3	927
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.017	4.5	797
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	86	-
R_work	0.297	1476	-
obs	-	1476	78.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7196	0.8714	-1.7429	8.1576	-7.1104	12.7579	-0.1221	0.311	-0.032	-0.5941	0.2582	0.2143	0.2601	-0.1568	-0.1361	0.0268	-0.0266	-0.0176	0.074	-0.04	0.0749	16.6163	15.3522	-5.4902
2	0.7237	0.2819	-0.3183	0.9206	0.0088	0.803	-0.0347	0.0846	-0.0478	-0.0923	0.0384	-0.0046	-0.0101	0.0044	-0.0036	0.0324	-0.001	-0.0081	0.0726	-0.0093	0.0557	20.3611	25.5495	-0.2749
3	17.0026	0.9563	1.2982	16.3843	1.5752	8.1551	-0.837	-0.2532	1.2743	-0.054	0.387	-1.7506	-0.7821	1.2091	0.4501	-0.0154	-0.0871	-0.0027	0.121	0.018	0.1059	33.8658	37.9889	-10.6655
4	0.2668	0.5369	-0.2127	1.5219	0.0887	0.7739	-0.0334	0.16	0.0161	-0.1401	0.0385	0.0462	-0.1351	-0.0083	-0.0051	0.0447	-0.0066	-0.0007	0.0775	0.0025	0.0468	21.0047	31.7227	-5.0174
5	1.6879	0.2032	-0.2058	2.0604	0.7747	2.8572	0.1042	-0.0101	0.1782	-0.2016	0.0091	0.0386	-0.2703	0.0898	-0.1132	0.1471	0.0021	0.0086	0.0442	-0.013	0.1142	20.7998	46.0639	6.7834
6	2.3321	1.0275	-0.7171	1.5144	0.7983	1.8296	0.1173	0.1331	0.3719	-0.2016	-0.0001	0.2835	-0.561	-0.0646	-0.1171	0.143	0.0334	0.0056	0.0142	-0.0047	0.0714	16.6967	48.0968	6.9439
7	0.7343	0.9637	0.8598	2.9191	0.5047	9.8329	-0.0154	-0.0526	0.054	-0.2308	0.0809	-0.325	0.0701	0.5863	-0.0655	0.0523	-0.0295	0.0201	0.0462	-0.0328	0.0701	28.7185	51.2897	15.9367
8	0.7653	0.3325	-0.0048	1.699	0.3821	0.7904	0.0373	-0.1518	0.0598	0.1011	-0.038	0.0772	-0.1247	0.0311	0.0007	0.0569	0.0012	0.0084	0.0617	-0.0097	0.042	18.3961	38.144	11.2135
9	3.282	0.7145	-0.4728	1.9387	0.1163	1.8386	-0.0273	-0.0435	0.1956	-0.0146	-0.0348	0.3134	-0.1546	-0.3869	0.0621	0.0226	0.0266	0.0041	0.0814	-0.0383	0.0806	7.0192	34.8422	8.3037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 19	10 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	20 - 80	20 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	81 - 90	81 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	91 - 120	91 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	121 - 162	121 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	163 - 192	163 - 192
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	193 - 227	193 - 227
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	228 - 268	228 - 268
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	269 - 292	269 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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