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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iq5 | ||||||
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タイトル | Unliganded Crystal Structure of the Uridine Phosphorylase from Salmonella Typhimurium at 1.90 A Resolution | ||||||
![]() | Uridine phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Timofeev, V.I. / Dontsova, M.V. / Gabdoulkhakov, A.G. / Pavlyuk, B.P. / Mikhailov, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Unliganded Crystal Structure of the Uridine Phosphorylase from Salmonella Typhimurium at 1.90 A Resolution 著者: Timofeev, V.I. / Dontsova, M.V. / Gabdoulkhakov, A.G. / Lashkov, A.A. / Voelter, V. / Kachalova, G.S. / Pavlyuk, B.P. / Mikhailov, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 181.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the dimer, which presented in the asymmetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27037.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: UDP / プラスミド: PBLUESCRIPT IISK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.27 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8126 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→76.7 Å / Num. obs: 32175 / 冗長度: 2.71 % |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0003 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.893 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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