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- PDB-2ion: Crystal structure of the C-terminal MA3 domain of Pdcd4 (mouse); form2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ion
タイトルCrystal structure of the C-terminal MA3 domain of Pdcd4 (mouse); form2
要素Programmed Cell Death 4, Pdcd4
キーワードANTITUMOR PROTEIN / alpha-helical
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial to mesenchymal transition involved in cardiac fibroblast development / negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / response to alkaloid / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / BMP signaling pathway / response to hormone ...epithelial to mesenchymal transition involved in cardiac fibroblast development / negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / response to alkaloid / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / BMP signaling pathway / response to hormone / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 4 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Wlodawer, A. / LaRonde-LeBlanc, N.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for inhibition of translation by the tumor suppressor pdcd4.
著者: Laronde-Leblanc, N. / Santhanam, A.N. / Baker, A.R. / Wlodawer, A. / Colburn, N.H.
履歴
登録2006年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed Cell Death 4, Pdcd4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6552
ポリマ－17,5631
非ポリマー921
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.536, 61.536, 78.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Programmed Cell Death 4, Pdcd4 / Pdcd4


分子量: 17563.117 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal MA3 domain, residues 322-450 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdcd4, MA-3 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosette(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q61823
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 0.085 M sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 2000 MME, 15% (v/v) glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→30 Å / Num. all: 24343 / Num. obs: 23715 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.571→1.612 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1605 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 95.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IOL, Chain A

2iol


解像度: 1.57→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.251 / SU ML: 0.046 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1948 1241 5.1 %RANDOM
Rwork0.15974 ---
all0.183 24343 --
obs0.1615 23008 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20.26 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.074 Å0.069 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 6 185 1227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.9861578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96832530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3465157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60524.52853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.11815225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.201157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.21144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3220.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5911.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3811.5275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88921146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0023500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5874.5416
LS精密化 シェル解像度: 1.571→1.612 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 96 -
Rwork0.329 1605 -
obs--95.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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