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- PDB-2ins: THE STRUCTURE OF DES-PHE B1 BOVINE INSULIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ins
タイトルTHE STRUCTURE OF DES-PHE B1 BOVINE INSULIN
要素
  • DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
  • DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
キーワードHORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate ...estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate / response to growth hormone / feeding behavior / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / response to nutrient levels / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / positive regulation of insulin secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Smith, G.D. / Duax, W.L. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Degraaf, R.A.G. / Reynolds, C.D.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1982
タイトル: The Structure of Des-Phe B1 Bovine Insulin
著者: Smith, G.D. / Duax, W.L. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Degraaf, R.A.G. / Reynolds, C.D.
#1: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1983
タイトル: A Comparative Assessment of the Zinc-Protein Coordination in 2Zn-Insulin as Determined by X-Ray Absorption Fine Structure (Exafs) and X-Ray Crystallography
著者: Bordas, J. / Dodson, G.G. / Grewe, H. / Koch, M.H.J. / Krebs, B. / Randall, J.
#2: ジャーナル: Can.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Structural Relationships in the Two-Zinc Insulin Hexamer
著者: Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Hodgkin, D.C. / Reynolds, C.D.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1978
タイトル: Experience with Fast Fourier Least Squares in the Refinement of the Crystal Structure of Rhombohedral 2-Zinc Insulin at 1.5 Angstroms Resolution
著者: Isaacs, N.W. / Agarwal, R.C.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Rhombohedral Insulin Crystal Transformation
著者: Bentley, G. / Dodson, G. / Lewitova, A.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1976
タイトル: A Method for Fitting Satisfactory Models to Sets of Atomic Positions in Protein Structure Refinements
著者: Dodson, E.J. / Isaacs, N.W. / Rollett, J.S.
#6: ジャーナル: J.Endocrinol. / 年: 1974
タイトル: Varieties of Insulin
著者: Hodgkin, D.C.
#7: ジャーナル: Dan.Tidsskr.Farm. / 年: 1972
タイトル: The Structure of Insulin
著者: Hodgkin, D.C.
#8: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1972
タイトル: Insulin. The Structure in the Crystal and its Reflection in Chemistry and Biology
著者: Blundell, T. / Dodson, G. / Hodgkin, D. / Mercola, D.
#9: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: The Crystal Structure of Rhombohedral 2 Zinc Insulin
著者: Blundell, T.L. / Cutfield, J.F. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Hodgkin, D.C. / Mercola, D.A.
#10: ジャーナル: Nature / 年: 1971
タイトル: Atomic Positions in Rhombohedral 2-Zinc Insulin Crystals
著者: Blundell, T.L. / Cutfield, J.F. / Cutfield, S.M. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Hodgkin, D.C. / Mercola, D.A. / Vijayan, M.
#11: ジャーナル: Recent Prog.Horm.Res. / 年: 1971
タイトル: X-Ray Analysis and the Structure of Insulin
著者: Blundell, T.L. / Dodson, G.G. / Dodson, E. / Hodgkin, D.C. / Vijayan, M.
#12: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1970
タイトル: X-Ray Diffraction Data on Some Crystalline Varieties of Insulin
著者: Baker, E.N. / Dodson, G.
#13: ジャーナル: Nature / 年: 1969
タイトル: Structure of Rhombohedral 2 Zinc Insulin Crystals
著者: Adams, M.J. / Blundell, T.L. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Vijayan, M. / Baker, E.N. / Harding, M.M. / Hodgkin, D.C. / Rimmer, B. / Sheat, S.
#14: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1982年5月10日処理サイト: BNL
改定 1.01982年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
B: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
C: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
D: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3246
ポリマ－11,1934
非ポリマー1312
水3,315184
1
A: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
B: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
C: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
D: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

A: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
B: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
C: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
D: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

A: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
B: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
C: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
D: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,97118
ポリマ－33,57812
非ポリマー3926
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18290 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
2
A: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
B: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

A: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
B: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

A: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
B: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9859
ポリマ－16,7896
非ポリマー1963
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
3
C: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
D: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

C: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
D: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子

C: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
D: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9859
ポリマ－16,7896
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
4
A: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
B: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6623
ポリマ－5,5962
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3580 Å2
手法PISA
5
C: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)
D: DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6623
ポリマ－5,5962
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.600, 81.600, 34.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Atom site foot note1: THE QUASI-TWO-FOLD SYMMETRY BREAKS DOWN MOST SERIOUSLY AT RESIDUES GLY A 1 TO GLN A 5 AND GLY C 1 TO GLN C 5 HIS B 5 AND HIS D 5 PHE B 25 AND PHE D 25
2: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED - ARG B 22, LYS D 29.
3: SEE REMARK 8.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1-

ZN

21D-31-

ZN

31B-52-

HOH

41D-133-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.88, -0.48, 0.02), (-0.48, 0.88, -0.02), (-0.01, -0.03, -1))
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT OF INSULIN CONSISTS OF TWO INSULIN MOLECULES EACH CONSISTING OF TWO CHAINS. THIS ENTRY PRESENTS COORDINATES FOR MOLECULES I (CHAIN INDICATORS A AND B) AND II (CHAIN INDICATORS C AND D). THE QUASI-TWO-FOLD AXIS THAT TRANSFORMS MOLECULE I INTO MOLECULE II IS GIVEN IN THE MTRIX RECORDS BELOW. APPLYING THE THREE-FOLD CRYSTALLOGRAPHIC AXIS YIELDS A HEXAMER AROUND THE AXIS. THERE ARE TWO ZINC IONS SITUATED ON THIS THREE-FOLD AXIS. COORDINATES FOR THE ZINC IONS AND SOME WATER MOLECULES ARE INCLUDED BELOW WITH A BLANK CHAIN INDICATOR.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN A)


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド DES-PHE B1 INSULIN (CHAIN B)


分子量: 3256.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
20.02 M111.0mlHCl
30.15 Mzinc acetate110.1ml
40.2 Msodium citrate110.5ml
1protein115.5mg
5acetone110.3ml

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 2722

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
FASTFOURIER LEAST-SQUARES REFINEMENT精密化
FAST-FOURIERLEAST-SQUARES REFINEMENT精密化
精密化最高解像度: 2.5 Å
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED - ARG B 22, LYS D 29. THE MODEL OF THE WATER STRUCTURE OBTAINED FROM THE REFINEMENT OF 2 ZN PORCINE INSULIN AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION WAS USED ...詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED - ARG B 22, LYS D 29. THE MODEL OF THE WATER STRUCTURE OBTAINED FROM THE REFINEMENT OF 2 ZN PORCINE INSULIN AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION WAS USED THROUGHOUT THE DES-PHE B1 INSULIN REFINEMENT.
Rfactor反射数
Rwork0.18 -
obs-2128
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数770 0 2 184 956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.2
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: o_bond_d / Dev ideal: 0.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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