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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2im5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Nicotinate phosphoribosyltransferase from Porphyromonas Gingivalis | ||||||
要素 | Nicotinate phosphoribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural genomics / NYSGXRC / phosphoribosyltransferase / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthetic process / glycosyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Nicotinate phosphoribosyltransferase from Porphyromonas gingivalis 著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2im5.cif.gz | 317.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2im5.ent.gz | 260.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2im5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2im5_validation.pdf.gz | 443.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2im5_full_validation.pdf.gz | 464.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2im5_validation.xml.gz | 56.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2im5_validation.cif.gz | 78.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/2im5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/2im5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is the monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45531.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: pncB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MXV0 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 18% PEG 3350, 0.2M tri-Ammonium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月30日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 83311 / Num. obs: 83311 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→24.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 210710.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.2696 Å2 / ksol: 0.382523 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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